Neraugoties uz anekdotiskiem apgalvojumiem par pretējo, patiesa šokolādes alerģija ir tik reti sastopama parādība, ka medicīnā to uzskata par praktiski neesošu. Kakao pupiņas, galvenā šokolādes sastāvdaļa, parasti nav vaininieks, ja pēc šokolādes lietošanas tiek pamanīti pārtikas alerģijas simptomi. Jebkuru nevēlamu reakciju parasti izraisa cita šokolādes sastāvdaļa, un tā nav īpaši šokolādes alerģija.
Šokolādes izstrādājumi visbiežāk satur citas sastāvdaļas, pret kurām daudziem cilvēkiem var būt alerģija. Gandrīz visi šokolādes produkti satur piena sastāvdaļu, piemēram, pienu, un piena alerģijas ir diezgan izplatītas, īpaši maziem bērniem. Personām, kurām ir laktozes nepanesamība, bet kuri pacieš ļoti mazu piena daudzumu, var būt rūgta, pussalda un tumšā šokolāde. Šajos šokolādes izstrādājumos ir jābūt augstākai šokolādes šķidruma koncentrācijai, un tādējādi tie satur mazāku piena procentuālo daudzumu nekā vieglā vai piena šokolāde. Tirgū ir pieejami arī vairāki piena produktus nesaturošas šokolādes zīmoli personām ar īpaši jutīgu laktozes nepanesību.
Zemesrieksti un koku rieksti, piemēram, mandeles, valrieksti un pekanrieksti, var būt arī alerģiskas reakcijas avots pret šokolādes produktiem. Daudzos konfekšu batoniņos un citos šokolādes izstrādājumos ir rieksti, taču pat tie, kas to nesatur, joprojām var izrādīties problemātiski. Daži šokolādes ražotāji savus saldumus ražo tajās pašās ražošanas līnijās, izmantojot tās pašas tvertnes un iekārtas neatkarīgi no tā, vai galaproduktā ir vai nav riekstu. Tāpēc pat šokolādes konfektes, kas nesatur riekstus, joprojām var saturēt nelielas riekstu gaļas vai eļļu pēdas.
Personām, kas ir īpaši jutīgas pret riekstiem, īpaši tām, kurām ir smaga zemesriekstu alerģija, pat šīs niecīgās riekstu produktu daļiņas var izraisīt ievērojamu reakciju. Šādām personām vajadzētu iepazīties ar etiķeti, un, ja ražošana bez riekstiem nav minēta, jāsazinās ar ražotāju. Ir vairāki šokolādes ražotāji, kas nesatur riekstus, piemēram, Nothin’ Nutty® un Vermont Nut-Free®.
Kukurūzas klātbūtne šokolādē jutīgām personām var izraisīt alerģisku reakciju, ko var nepareizi interpretēt kā šokolādes alerģiju. Kukurūzas sīrups ar augstu fruktozes saturu tiek izmantots daudzu zīmolu šokolādes konfektēs. Tāpat kā riekstu gadījumā, daudzi ražotāji ražo šokolādes konfektes, kas nesatur kukurūzu, tajās pašās ražošanas līnijās kā produkti, kas tos satur. Ir gandrīz neiespējami izvairīties no savstarpējas inficēšanās, un pat neliels kukurūzas daudzums var radīt risku ļoti jutīgiem cilvēkiem.
Vēl viens iespējamais šokolādes alerģijas vaininieks ir soja. Šokolāde ir emulsija — divu šķidrumu maisījums, kas parasti atdalītos. Lai novērstu sastāvdaļu atdalīšanu un saglabātu šokolādi cietā veidā istabas temperatūrā, parasti pievieno emulgatoru. Šokolādes izstrādājumos visizplatītākais emulgators ir sojas lecitīns. Šī piedeva var būt problemātiska personām ar alerģiju pret soju.
Ogas ir populāras pildvielas šokolādes kārbās, kā arī viens no visvairāk alergēniskiem pārtikas produktiem. Personām, kurām ir alerģija pret ogām, būtu prātīgi izvairīties no šokolādes sortimenta, lai samazinātu iespējamo iedarbību. Kofeīns var radīt problēmas arī tiem, kas ir jutīgi pret ķīmisko vielu. Lai gan, neskatoties uz plaši izplatītiem uzskatiem, šokolādē tas ir salīdzinoši mazos daudzumos, tajā joprojām var būt pietiekami daudz kofeīna, lai izraisītu problēmas ļoti alerģiskiem cilvēkiem. Ir svarīgi atzīmēt, ka jo tumšāka ir šokolāde, jo augstāks ir kofeīna saturs.
Personām ar alerģiju pret kviešiem vai lipekli, piemēram, tiem, kam ir celiakija, pirms šokolādes izstrādājumu lietošanas īpaša uzmanība jāpievērš marķējumam. Šokolādei ar krēmveida pildījumu kā saistvielu bieži tiek izmantota kviešu ciete vai milti. Tirgū ir bezglutēna šokolādes konfektes, ko piedāvā tādi uzņēmumi kā Endangered Species Chocolate.
Ļoti retos gadījumos šokolādes produktu lietošana var izraisīt alerģiskus simptomus personām, kuras lieto recepšu medikamentus Prozac® vai citus serotonīna atpakaļsaistes inhibitorus (SSAI). Šokolāde var izraisīt noteiktu neirotransmiteru, tostarp serotonīna, izdalīšanos. Prozac® un citi SSAI ietekmē arī serotonīna līmeni smadzenēs. Kombinācijā ar šokolādi tas var izraisīt zāļu mijiedarbību.
Pārtikas alerģijas var parādīties jebkurā laikā. Ja ir aizdomas par šokolādes alerģiju vai kādu citu pārtikas alerģiju, jākonsultējas ar ārstu. Ja simptomi ir smagi, tostarp pēkšņi izsitumi, ātrs pulss vai apgrūtināta elpošana, jāmeklē neatliekamā medicīniskā palīdzība. Ārstējošais ārsts vai alerģists ir jāinformē par to, kāds produkts tika patērēts un vai tas ir saistīts ar recepšu vai bezrecepšu zālēm.