Labākās pumpernickel maizes izvēle lielā mērā ir personīgās gaumes jautājums. Ir daži atšķirīgi maizes veidi, kurus var iegādāties vai pagatavot, tāpēc izvēle dažkārt ir balstīta uz veidu ar vispazīstamākajām garšām. Vēl viens apsvērums ir tas, kā maize tiks izmantota, jo tās garša var būt no saldas un vieglas līdz blīvai un maigi pikanta. Arī maizes tekstūra var būt ļoti atšķirīga atkarībā no iegādātā veida, un autentiskajai vācu šķirnei ir ļoti drupana, sausa tekstūra pretstatā maizes izstrādājumiem draudzīgākai maizei ar vairāk sūkļa sajūtu. Papildu aromatizējošās sastāvdaļas pumperniķeļa klaipā var arī palīdzēt izlemt, kurš garšo vislabāk, jo daži satur ķimeņu sēklas vai fenheli, savukārt citās ir kafija vai grauzdētas maizes drupatas.
Viena atšķirīga pumperniķeļa maizes versija ir pazīstama kā vācu pumpernickel, un tā, iespējams, ir viens no agrākajiem zināmajiem maizes veidiem. To veido no rudzu miltiem, kuros maisījumā ir iekļautas veselas vai saplaisātas rudzu ogas kopā ar melasi. Raudzētājs ir ieraugs, kas maizei piešķir raudzētāku garšu. Mīklu liek kvadrātveida cepešpannā un dažos gadījumos cep cepeškrāsnī gandrīz visu dienu, radot blīvu, blīvu drupatu un nelielu sausumu. Šo maizi vislabāk izvēlēties, ja ir nepieciešams pamats mitrām sastāvdaļām, piemēram, smērējamām vai sālītām jūras veltēm, piemēram, kūpinātam lasim.
Atšķirīgu pumperniķeļa maizes versiju var pagatavot tādā veidā, kas ir līdzīgāks standarta rudzu klaipam, rudzu miltus sajaucot ar kviešu vai universālajiem miltiem, lai mīklā būtu garāki, elastīgāki lipekļa pavedieni. Maizes dziļi brūnā krāsa netiek iegūta, ilgstoši cepot, bet gan izmantojot tumšas krāsas sastāvdaļas, piemēram, kakao pulveri, melasi, kafiju vai šokolādi. Šie klaipi tiek veidoti apaļos klaipos, nevis kvadrātveida vācu gaumē, un cepti līdzīgi kā parastā maize. Šis pumperniķeļa veids vislabāk ir piemērots sviestmaizēm vai grauzdiņiem, jo tajā ir vairāk mitruma un maigāka tekstūra nekā vācu šķirnei.
Abos gadījumos pumperniķeļa maizei vajadzētu justies smagākai par citiem maizes veidiem, kas nozīmē, ka tajā ir vairāk rudzu nekā kviešu miltu. Ķimeņu vai fenheļa sēklu pievienošana ir tradicionāla, taču tiem, kam sēklu garša šķiet nepatīkama, var atrast vienkāršus klaipus. Citas sastāvdaļas var ietvert žāvētus augļus un riekstus, kas akcentē maizes saldumu. Daži komerciāli ražotas pumperniķeļa maizes veidi patiesībā satur lielu daudzumu mākslīgo krāsvielu un saldinātāju, piešķirot tiem garšu, kas izteikti atšķiras no maizēm, kurās izmantotas tradicionālākas sastāvdaļas.