Cepot rupjmaizi, parasti ir vairākas rudzu miltu izvēles. Labākie milti ir atkarīgi no cepamās maizes veida un vēlamās rudzu garšas. Dažās receptēs tiks norādīts arī noteikts miltu veids, nevis cits. Izplatītākās šķirnes ir pumperniķelis, veseli rudzu milti un vidēji rudzu milti. Gaišajiem vai baltajiem rudziem parasti ir tik viegla garša, ka daži maiznieki dod priekšroku no tā izvairīties.
Parasti Amerikas Savienotajās Valstīs gan vidēji rudzu, gan pumperniķeļa milti ir pilngraudu miltu veidi. Puperniķeļa miltus parasti izmanto pumperniķeļa maizes, sātīgas, tumšas sviestmaizes maizes pagatavošanai. Vidējos miltus parasti izmanto parastās rudzu maizes receptēs. Pumperniķeļa milti parasti tiek samalti rupjāk nekā vidēji rudzi, tāpēc iegūst tumšāku maizi. Dažos gadījumos pumperniķeļa milti patiesībā nav milti, bet tiek samalti līdz maltītes vai pat rudzu pārslu tekstūrai.
Vidēji rudzu milti vai milti, kas vienkārši apzīmēti kā “rudzi”, ir standarta izvēle maizes cepšanai. Mēreni garšotu klaipu iegūsit, ja izmantosiet vidējus miltus. Vēl viena iespēja ir izmantot miltu maisījumu, ja vēlaties pagatavot mīkstu, sviestmaižu stila maizes klaipu.
Ja vēlaties pagatavot tumšāku, stiprākas garšas rupjmaizes variantu, vidējā rudzu vietā varat izmantot pumperniķeļa miltus. Tomēr daži maiznieki vispār neiesaka izmantot pumperniķeļa miltus, jo nav skaidras definīcijas, kas tie ir. Rudzu miltu izmantošana ir droša izvēle tumšajai maizei un pumperniķeļa maizei, jo tiek garantēts, ka izmantosiet īstus miltus. Tā kā šajos miltos parasti ir zems lipekļa jeb olbaltumvielu saturs, vairums maiznieku tos sajauc ar dažiem universāliem kviešu miltiem, lai iegūtu ne pārāk blīvu maizes kukuli.
Pēc struktūras un garšas līdzīgi kā universālajiem vai baltajiem kviešu miltiem, gaišie rudzu milti ir tik smalki samalti, ka liela daļa rudzu garšas ir pazudusi, kas nozīmē, ka tie parasti nav laba izvēle maizes cepšanai. Ja gatavojat cepumus vai citus smalkus konditorejas izstrādājumus, izmantojot šos miltus, vislabākā izvēle var būt gaiši milti.
Vieglajiem rudzu miltiem ir visilgākais glabāšanas laiks, jo tiek noņemtas klijas un dīgļi, kas ātri sasmago. Pilngraudu miltu glabāšanas laiku var pagarināt, pareizi uzglabājot. Vidēji un veseli milti jāuzglabā saldētavā cieši noslēgtos traukos vai maisiņos.