Aizkuņģa dziedzera cistas ārstēšana bieži vien neietver nekādu ārstēšanu. Mazas, labdabīgas cistas un pseidocistas bieži izzūd pašas, tāpēc bieži vien pietiek ar uzmanīgu nogaidīšanu, lai gan var būt jāapsver turpmāka ārstēšana, ja tās rada diskomfortu vai citus simptomus. Ja tie neizzūd bez ārstēšanas, ārstam tie jāuzrauga, lai noskaidrotu, vai tie turpina augt vai neparādās vēža pārvēršanās pazīmes, un tādā gadījumā var būt nepieciešama biopsija. Lielas cistas vai cistas, kas laika gaitā kļūst lielākas un rada problēmas pacientam, var būt jāiztukšo ar adatu. Viņiem var būt nepieciešama arī ķirurģiska izņemšana, īpaši, ja ir pazīmes, ka tie var kļūt par vēzi.
Daudziem pacientiem aizkuņģa dziedzera cista, kas var nebūt īsta cista, bet gan pseidocista, kurai trūkst specializētu šūnu, kas izdala šķidrumu viņu aizņemtajā telpā, izzudīs bez ārstēšanas. Daudzi ārsti izvēlas izmantot metodi, ko sauc par uzmanīgu gaidīšanu, kad netiek veikta ārstēšana un tiek novērotas cistas izmaiņas. Bieži vien labdabīga cista izzūd sešu nedēļu laikā, un iejaukšanās nav nepieciešama.
Aizkuņģa dziedzera cistai, kas saglabājas pēc normālas nogaidīšanas, joprojām var nebūt nepieciešama ārstēšana, bet parasti nepieciešama uzraudzība. Cistas aizkuņģa dziedzerī laika gaitā var augt un, tiklīdz tās kļūst lielākas par 2 centimetriem, var izraisīt sāpes mugurā vai vēderā, dzelti vai pat inficēties. Tie var arī kļūt par pirmsvēža vai vēža audzējiem. Ārstam regulāri jāpārbauda esošās cistas, lai pārliecinātos, ka tās nerada problēmas.
Drenēšana dažreiz ir lielas, simptomātiskas aizkuņģa dziedzera cistas ārstēšana, īpaši gados vecākiem pacientiem, kuri var nebūt fiziski pietiekami veseli, lai veiktu operāciju. To parasti veic, palaižot endoskopu, kas ir elastīga caurule, ko var aprīkot ar adatu drenāžai, ievadot mutē un līdz pat vēderam. Tur adata tiks ievietota cistā, lai izvilktu iekšpusē esošo šķidrumu.
Ķirurģija bieži ir laba iespēja aizkuņģa dziedzera cistas ārstēšanai. Jauni, veseli pacienti var dot priekšroku šai iespējai, nevis drenēšanai, jo tā bieži vien ir visefektīvākā pieeja. Tā parasti ir arī ieteicamā metode, ja biopsija norāda, ka cista var kļūt par vēzi. Kad aizkuņģa dziedzera cista tiek ķirurģiski izņemta, tās atgriešanās iespēja ir diezgan zema.