Atšķirības starp klonazepāmu un alprazolāmu ir diezgan nelielas, jo abas zāles pieder benzodiazepīnu grupai un tām ir līdzīga iedarbība. Abas ārstēšanas metodes tiek izmantotas trauksmes traucējumiem, bet klonazepāms bieži tiek nozīmēts arī krampju gadījumā. Šo zāļu devas dažos gadījumos arī atšķiras. Piemēram, ja pacients panikas traucējumu ārstēšanai lieto alprazolāmu, viņam vai viņai būtu nepieciešami 0.5 miligrami (mg) trīs reizes dienā, bet, ja tas pats pacients lieto klonazepāmu, viņam vai viņai vajadzētu ievadīt tikai 0.25 mg divas reizes dienā.
Klonazepāmu un alprazolāmu visvieglāk var atšķirt atkarībā no apstākļiem, ko tie parasti lieto ārstēšanai. Lai gan abas ārstēšanas metodes ir piemērotas lietošanai pacientiem ar trauksmes traucējumiem, klonazepāmu var lietot arī, lai ārstētu pacientus, kuri cieš no krampju traucējumiem. Zāles var lietot, lai ārstētu petit mal krampjus, akinētiskos krampjus un mioklonusu. Un otrādi, alprazolāmu lieto tikai trauksmes traucējumu un panikas lēkmju ārstēšanai. Šī klonazepāma un alprazolāma iedarbības atšķirība ir izskaidrojama ar to ķīmiskās struktūras un satura atšķirību.
Šo zāļu devas var atšķirties, pat ja tās lieto tādu pašu slimību ārstēšanai. Panikas lēkmes ir viens no nosacījumiem, kam var izmantot abas ārstēšanas metodes, un šis stāvoklis parāda zāļu devu atšķirību. Pacientam, kurš lieto alprazolāmu panikas lēkmju ārstēšanai, nepieciešamas 0.5 mg devas trīs reizes dienā. Klonazepāma devas parasti ir mazākas, un tās jāievada retāk. Lai gan abus var palielināt pēc vajadzības, klonazepāma sākuma deva ir tikai 0.25 mg divas reizes dienā, kas kopumā veido 1 mg atšķirību dienā.
Līdzības starp klonazepāmu un alprazolāmu ir acīmredzamākas nekā to atšķirības, jo zāles ietilpst tajā pašā vispārējā klasē. Benzodiazepīna zāles pastiprina gamma-aminosviestskābes (GABA) iedarbību, kas ir smadzenēs atrodams neirotransmiters. Neiromediatorus pamatā var uzskatīt par ķīmiskiem vēstnešiem, un ārsti uzskata, ka tie ir tieši saistīti ar trauksmi un garastāvokļa traucējumiem. GABA ir neirotransmiters, kas palēnina smadzeņu darbību. Pacientiem ar panikas vai trauksmes traucējumiem pārmērīga smadzeņu darbība var būt lēkmju katalizators.
Šis klonazepāma un alprazolāma efekts, kas samazina vispārējo smadzeņu darbību, var izraisīt vairākas blakusparādības. Piemēram, abas ārstēšanas metodes var izraisīt vispārēju sedāciju pat mazās devās, un alprazolāms lielākās devās var izraisīt arī runas un atmiņas problēmas un vispārēju nogurumu. Abas ārstēšanas metodes var izraisīt arī abstinences simptomus, ja tās tiek lietotas ilgu laiku un pēc tam tiek pārtrauktas.