Baktērijas ir vienšūnas organismi, kuriem ir prokariotu šūnu struktūra. Lai gan baktēriju šūnas atšķiras dažos strukturālajos elementos, piemēram, lielumā un formā, tām visām ir kopīgas prokariotu iezīmes. Prokariotu šūnas ir atšķirīgas ar to, ka tām nav kodolu vai citu organellu, kas saistīti ar membrānām.
Baktēriju šūnu aizsargā un satur šūnas siena, kas izgatavota no peptidoglikāna, cukura un olbaltumvielu polimēra. Baktērijas ar biezām šūnu sieniņām tiek sauktas par grampozitīvām, savukārt tās, kurām ir plānas šūnu sienas un ko ieskauj lipīdu membrāna, sauc par gramnegatīvām. Šūnu siena aizsargā šūnu no turgora spiediena ietekmes, kas rodas no augstākas izšķīdušās vielas koncentrācijas šūnā, salīdzinot ar šūnu apkārtējo vidi.
Dažām baktēriju šūnām ir ārējās struktūras. Flagellas, kas ir garas, elastīgas struktūras, kas izgatavotas no proteīna flagellīna, izplešas no šūnas sienas un piešķir baktēriju šūnai papildu kustīgumu. Pili un fimbrae ir īsas proteīna caurules, kas atrodamas starp proteobaktērijām un ļauj baktēriju šūnai pieķerties substrātam vai citai baktēriju šūnai.
Citoplazmu jeb šūnas iekšējo šķidrumu no šūnas sienas atdala šūnas membrāna. Šī membrāna darbojas kā starpnieks materiāla transportēšanā šūnā un no tās. Baktēriju šūnu membrāna ir fosfolipīdu divslānis, kas sastāv no taukskābēm un ir caurlaidīgs tikai noteiktiem joniem un molekulām.
Baktēriju šūnas iekšpuse ir diezgan vienkārša, jo prokariotu šūnās nav daudz iekšējo struktūru. Baktēriju šūnas ģenētiskā informācija ir kodēta dezoksiribonukleīnskābes (DNS) superspirālā struktūrā, kas suspendēta reģionā, kas pazīstams kā nukleoīds. Baktēriju hromosoma parasti ir apļveida forma.
Citi mazi DNS gabali, kas pazīstami kā plazmīdas, neatkarīgi no galvenās hromosomas peld citoplazmā. Šie fragmenti kodē nebūtiskas iezīmes un var tikt apmainīti starp baktērijām. Ar membrānu saistītā kodola trūkums ļauj DNS baktēriju šūnā tiešāk mijiedarboties ar ribosomām, kas ir atbildīgas par translācijas vai ģenētisko datu pārsūtīšanas procesu.
Ribosomas un baktēriju hromosoma ir visvienkāršākās intracelulārās struktūras, kas atrodamas baktēriju šūnas citoplazmā, lai gan daži baktēriju veidi ietver sarežģītākas struktūras. Piemēram, dažu veidu baktēriju planktona šūnās ir gāzes pūslīši, kas ļauj tiem pielāgot peldspēju ūdenī. Strukturālie pavedieni, kas satur citoskeletu, ir novēroti arī baktēriju šūnās.