Prokariotu un eikariotu šūnas ir divas pamata formas, kuras šūnas var iegūt. Prokariotu šūnas veido vienšūnas organismus, piemēram, baktērijas un arhejas, savukārt eikariotu šūnas ir visu pārējo dzīvības veidu pamatā. Zemes evolūcijas ziņā prokariotu šūnas bija pirmās, un vēlāk tās aizstāja to eikariotu kolēģi.
Visievērojamākā atšķirība starp prokariotu un eikariotu šūnu šūnām ir pēdējo spēja veidot sarežģītu organismu. Prokarioti ir visi vienšūnu organismi, savukārt eikarioti ietver augus, sēnītes un dzīvniekus. Spēja apvienoties un sadarboties ir ļāvusi eikariotiem attīstīties daudz tālāk par prokariotiem.
Abi šūnu veidi satur viens otram līdzīgus elementus. Abi veidi ir organismi, kuru pamatā ir dezoksiribonukleīnskābe (DNS), kas satur šūnu membrānu, flagellum, citoplazmu un ribosomas. Viņiem ir tāda paša veida DNS un tāda paša veida ģenētiskais kods. Viena atšķirība ir tā, ka prokariota DNS ir apļveida, bet eikariota DNS ir lineāra. Eikariotu DNS saistās ar histona proteīniem, veidojot hromosomas, savukārt prokariotu DNS to nedara.
Visievērojamākā fizioloģiskā atšķirība starp prokariotu un eikariotu šūnām ir īstā kodola trūkums pirmajām. Kodols satur un apstrādā lielāko daļu eikariotu šūnas DNS, un tā funkcija ir kontrolēt šūnu aktivitāti. Kodols atrodas membrānā, lai tas būtu atsevišķi no pārējās šūnas. Prokariotam ir nukleoīdu centrs, kurā tiek savākta DNS, bet nav atdalošās membrānas.
Iekšējās membrānas ir atkārtota atšķirība starp diviem šūnu veidiem. Eikariotu šūna ir piepildīta ar atšķirīgiem miniatūriem orgāniem, ko sauc par organellām. Šie ar membrānu saistītie elementi veic noteiktas funkcijas šūnā un atšķiras no šūnas citoplazmas. Prokariotiem parasti nav no citoplazmas atdalītu organellu. Citoplazma ir viskozs šķidrums, kas atrodas šūnā.
Lai gan gan prokariotu, gan eikariotu šūnām ir ribosomas, ribosomas eikariotu šūnās ir lielākas un attīstītākas. Ribosomas izmanto aminoskābes un ribonukleīnskābi (RNS), lai šūnā izveidotu olbaltumvielas. Prokariotu ribosoma sastāv no trīs veidu ribosomu RNS (rRNS) un aptuveni 50 veidu proteīniem. Tomēr eikariotu ribosoma sastāv no pieciem rRNS veidiem un aptuveni 80 proteīnu veidiem.
Eikariotu šūnas satur atšķirīgu organellu, ko sauc par mitohondriju, un augu šūnās ir arī organellas, ko sauc par plastidiem. Prokariotu šūnām nav neviena. Šķiet, ka mitohondrijiem un plastidiem ir kopīga izcelsme. Šķiet, ka abi ir bijuši atšķirīgi prokarioti, kas absorbēti eikariotos pastāvīgās simbiotiskās attiecībās.
Dažas vispārinātas atšķirības sarežģī izņēmumi. Parasti šīs šūnas atšķiras pēc šūnu sieniņām. Lai gan visiem prokariotiem tās ir un vairumam eikariotu nav, ir izņēmumi. Dažiem prokariotiem ir izveidojušās primitīvas organellas, bet parasti to nav.