Ilgu laiku tika uzskatīts, ka cilvēkiem, kuri cieš no skābes refluksa un ar to saistītām slimībām, piemēram, gastroezofageālā refluksa slimības (GERD), jāizvairās no kafijas, jo tā var pasliktināt refluksa simptomus, liekot kuņģim palielināt sālsskābes ražošanu. Zinātniskie pētījumi ir parādījuši, ka dažas kafijas patiešām var izraisīt skābes refluksu, bet ne visas. Izrādās, ka, lai arī tas varētu šķist neintuitīvi, tumši grauzdēta kafija var neizraisīt skābes refluksu, kas izraisa kuņģa skābes, turpretim maigāka kafija to dara. Izpratne par to, kas ir par tumši grauzdētām pupiņām, kas kavē skābes veidošanos, var izrādīties galvenā atslēga, lai kādu dienu novērstu jebkādu negatīvu saikni starp kafiju un skābes refluksu.
Tumšāki cepeti dabiski satur ķīmisku vielu, ko sauc par N-metilpiridīniju (NMP), kas bloķē kuņģi no sāpīgu skābju veidošanās. Tomēr šī ķīmiskā viela nav atrodama maigākos cepešos. Šis atklājums, kas tika prezentēts 2010. gadā Amerikas Ķīmijas biedrības 239. nacionālajā sanāksmē, varētu palīdzēt izskaidrot, kāpēc agrākā Stenfordas universitātes pētījumā netika atklāta nekāda saistība starp kafiju un skābes refluksu. Stenforda 2006. gadā veiktajā pētījumā nebūtu atrasti pārliecinoši pierādījumi tam, ka kafija un skābes reflukss ir saistīti, jo ne visas kafijas ražo kuņģa skābes. Stenfordas pētījumā secināts, ka atturēšanās no kafijas nesamazinās skābes refluksa simptomus un ka tikai diētas ievērošana un galvas pacelšana miega laikā var mazināt simptomus.
Savādi, ka pastāv liela iespēja, ka daudzi skābes refluksa slimnieki ir pievērsušies maigākai kafijai, cenšoties remdēt grēmas. Tomēr tā vietā, lai mazinātu skābes refluksu, šī intuīcija faktiski var pasliktināt simptomus. Tumšākas kafijas vai espresso dzērienu, kas satur NMP, dzeršana var būt risinājums, lai izvairītos no kafijas izraisītām grēmām, neatsakoties no kafijas.
Eksperimentējot ar maigu grauzdējumu, kas satur NMP, pētnieki cenšas mainīt attiecības starp maigu kafiju un skābes refluksu. Ja var pagatavot maigus cepešus, kas satur NMP, nākamajiem kafijas cienītājiem, kuri saraujas no domas par tumšo cepeti, iespējams, nevajadzēs mainīt savu garšu. Tomēr šobrīd šķiet, ka no kafijas un skābes refluksa var izvairīties, vienkārši pieturoties pie tumšākām pupiņām.
Lai gan dažas kafijas var izraisīt skābes refluksu, sāpīgas kuņģa skābes biežāk izraisa pārēšanās un slikti miega ieradumi. Atteikšanās no noteiktiem pārtikas produktiem, kas var izraisīt kuņģa skābi; ēst mazāk, nevis tieši pirms gulētiešanas; un galvas pacelšana miega laikā ir pārbaudītas metodes hroniskas skābes refluksa mazināšanai. Vienmēr ir ieteicams konsultēties ar ārstu, lai saņemtu īpašu medicīnisku padomu, kā ārstēt skābes refluksa gadījumu.