Progesterons un menstruālais cikls ir cieši saistīti, jo menstruācijas nevarētu notikt bez šī hormona. Progesterons darbojas kopā ar estrogēnu, lai sabiezinātu dzemdes gļotādu, un pēkšņs progesterona kritums izraisa tā izdalīšanos menstruāciju laikā, ja grūtniecība nenotiek. Šis hormons ir svarīgs arī tad, ja iestājas grūtniecība, jo augsts progesterona līmenis nodrošina pareizu augļa attīstību. Turklāt nelīdzsvarotība starp progesteronu un estrogēnu var izraisīt premenstruālo sindromu (PMS). Dažas sievietes savā labā izmanto attiecību starp progesteronu un menstruālo ciklu, jo šis hormons var gan novērst, gan uzlabot grūtniecību, ja ir dažādi daudzumi.
Menstruāciju folikulārajā fāzē gan progesterona, gan estrogēna līmenis ir diezgan zems, bet pēc tam palielinās, estrogēna līmenis ovulācijas fāzē un progesterona līmenis luteālās fāzes laikā. Kad folikulā nobriest jauna olšūna, progesterons un estrogēns palīdz sabiezēt dzemdes gļotādu, ja iestājas grūtniecība, lai embrijs varētu pareizi implantēties. Turklāt progesterona līmenis saglabājas augsts, lai ļautu auglim pareizi attīstīties un ļautu asinīm cirkulēt dzemdē. Vēl viens šī hormona uzdevums grūtniecības laikā ir izveidot gļotu korķi, kas aizsargā augli no baktēriju iekļūšanas dzemdē. Šī hormona trūkums var izraisīt spontānu abortu, tāpēc gan progesterons, gan menstruālais cikls ir svarīgi sievietēm, kuras vēlas iznēsāt bērnu.
Progesterona līmenis paaugstinās pēc ovulācijas, un, ja grūtniecība nenotiek, progesterona līmenis pēkšņi pazeminās, izraisot dzemdes gļotādas izdalīšanos menstruāciju laikā. Tomēr tieši pirms progesterona līmeņa pazemināšanās daudzas sievietes cieš no PMS, kas ir hormonu nelīdzsvarotības rezultāts. Šajā brīdī progesterona līmenis bieži palielinās, kas var likt sievietēm justies izsalkušākas nekā parasti. Daudzas sievietes sūdzas arī par vēdera uzpūšanos tieši pirms menstruācijām, ko izraisa progesterona tendence likt nierēm uzkrāt gan ūdeni, gan sāli. Turklāt sievietes bieži pamana lielākas, stingrākas krūtis, jo šī hormona ietekmē audi palielinās, un tas ir tikai vēl viens veids, kā progesterons darbojas kopā ar menstruālo ciklu pat pēc grūtniecības iestāšanās.
Dažas sievietes izmanto attiecības starp progesteronu un menstruālo ciklu, pievienojot savam ķermenim vairāk šī sievišķā hormona, lai sasniegtu dažādus rezultātus. Piemēram, dažas sievietes var palīdzēt novērst spontāno abortu, ko izraisa zems progesterona līmenis, lietojot tabletes, injekcijas vai svecītes, kas satur šo hormonu. Citas sievietes, kas cenšas novērst grūtniecību, lieto tikai progesteronu saturošas kontracepcijas tabletes, kas var sabiezēt dzemdes kakla gļotas, tāpēc spermai ir grūti nokļūt līdz dzemdes kaklam. Tas var arī retināt dzemdes gļotādu, jo šī hormona palielināšanās, kam seko pēkšņa samazināšanās, neļauj gļotādai kļūt pārāk biezai. Tikai progesteronu saturošām kontracepcijas tabletēm ir mazāk blakusparādību nekā kombinētajām tabletēm, kas satur arī estrogēnu, padarot tās pievilcīgas dažām sievietēm. Sievietēm ir jānosaka labākā ārstēšana, pamatojoties uz ārstu ieteikumiem un uzraudzību.