Ir daudz jautājumu un jautājumu par gēnu terapijas ētiku, kas saistīta ar praksi. Gēnu terapija ietver izmaiņas cilvēka ģenētiskajā profilā, kas ir kā instrukciju kopums vai plāns šim unikālajam indivīdam. Viena no ētikas problēmām ir saistīta ar to, vai ir morāli pareizi veikt šādas izmaiņas, īpaši, ja tās var ietekmēt arī nākamās paaudzes. Citas bažas par gēnu terapijas ētiku ir saistītas ar šīs tehnikas piemērošanu; daudzi uzskata, ka ir pieņemami to izmantot kaitīgu traucējumu ārstēšanai, bet ne cilvēka pamatīpašību uzlabošanai. Pastāv arī bažas par šo dārgo ārstniecības līdzekļu pieejamību un risku, ka tās tiks rezervētas bagātajiem.
Viena no galvenajām bažām par gēnu terapijas ētiku ir saistīta ar pašas prakses esamību un to, vai tā ir morāli pieņemama. Visu veidu gēnu terapija ietver neatgriezenisku indivīda ģenētiskā profila maiņu; viens veids, ko sauc par dzimumšūnu gēnu terapiju, ļauj izmaiņas nodot pēcnācējiem un nākamajām paaudzēm. Prakses pretinieki pauž iebildumus par nezināmu ilgtermiņa blakusparādību un attīstības problēmu riskiem nākamajām paaudzēm un uzskata, ka pirms šo risku uzņemšanās ir nepieciešams vairāk pētījumu. Daži arī apšauba gēnu terapiju reliģisku iemeslu dēļ, jo uzskata to par Dieva ieceres iejaukšanos. Gēnu terapijas atbalstītāji min milzīgo potenciālu glābt dzīvības un izskaust ģenētiskus traucējumus, un šķiet, ka atlīdzība ir riska vērta.
Vēl viena nopietna problēma par gēnu terapijas ētiku ir tā, ka tā var tikt ļaunprātīgi izmantota. Daudzi cilvēki piekrīt, ka tas var būt noderīgi tādu kaitīgu traucējumu ārstēšanai, kas ietekmē dzīvību. Tomēr pastāv bažas, ka tas varētu novest pie tā, ka to var izmantot, lai novērstu jebkādas atšķirības no sabiedrības ideāla. Daži cilvēki ir nobažījušies, ka gēnu terapija varētu būt gēnu inženierijas sākums, lai radītu “ideālu” cilvēku. Vēl viena problēma ir iespējama gēnu terapijas ļaunprātīga izmantošana, lai uzlabotu personas veiktspēju, tādējādi mainot tādas spējas kā intelekts, ātrums vai koordinācija. Pētnieki un Amerikas Medicīnas asociācija ir vienisprātis, ka šāda gēnu terapijas izmantošana būtu ētikas pārkāpums un to nevajadzētu atļaut.
Ir arī jautājumi par ārstēšanas izmaksām, kas saistīti ar gēnu terapijas ētiku. Ņemot vērā gēnu terapijas eksperimentālo raksturu, tā ir ļoti dārga, un to parasti nesedz medicīniskā apdrošināšana. Izmaksas padara gēnu terapijas procedūras nepieejamas lielākajai daļai cilvēku, jo parasti tās ir pieejamas tikai ļoti bagātiem cilvēkiem. Pastāv bažas, ka gēnu terapija varētu kļūt par ekskluzīvu ārstēšanu, kas paredzēta turīgajai elitei, bet citiem liegta piekļuve. Saskaņā ar medicīnas ētikas kodeksu daudzi medicīnas aprindās ir apņēmušies padarīt to pieejamu visiem neatkarīgi no sociālekonomiskā statusa.