Glikozamīna hondroitīna blakusparādības ir salīdzinoši retas un parasti ir vieglas, ja tās rodas, lai gan par jebkuriem negatīviem simptomiem, kas sākas pēc šo zāļu lietošanas, jāziņo ārstam turpmākai medicīniskai izvērtēšanai. Dažas no visbiežāk ziņotajām glikozamīna hondroitīna blakusparādībām ir kuņģa-zarnu trakta traucējumi, reibonis un galvassāpes. Lietojot šo papildinājumu, pacientiem ar cukura diabētu var paaugstināties cukura līmenis asinīs. Dažas no nopietnākām iespējamām blakusparādībām ir sirdsklauves, pietūkums vai elpošanas traucējumi. Jebkuri konkrēti jautājumi vai bažas par iespējamām glikozamīna hondroitīna blakusparādībām atsevišķā situācijā ir jāapspriež ar ārstu vai citu medicīnas speciālistu.
Kuņģa-zarnu trakta traucējumi ir viena no visbiežāk ziņotajām glikozamīna hondroitīna blakusparādībām. Var rasties viegla vai mērena slikta dūša ar vai bez vemšanas. Šo zāļu lietošana kopā ar pārtiku vai pienu var palīdzēt mazināt šī simptoma smagumu. Dažiem cilvēkiem, kuri lieto šo uztura bagātinātāju, var rasties caureja, aizcietējums vai pārmaiņus abu lēkmes. Par grēmām, vēdera uzpūšanos un palielinātu meteorismu ir ziņojuši arī tie, kas lieto šīs zāles.
Galvassāpes, reibonis un miegainība ir iespējamas glikozamīna hondroitīna blakusparādības. Paaugstināts cukura līmenis asinīs, kas pazīstams kā hiperglikēmija, dažkārt var rasties pacientiem ar cukura diabētu. Tie, kuriem ir elpošanas traucējumi, piemēram, astma, var pamanīt simptomu palielināšanos, lietojot šīs zāles. Lai gan lielākā daļa no šīm blakusparādībām parasti ir vieglas, jebkādi pastāvīgi vai apgrūtinoši simptomi ir jāapspriež ar ārstu.
Nopietnākas glikozamīna hondroitīna blakusparādības, par kurām nekavējoties jāziņo ārstam, ir sāpes krūtīs, apgrūtināta elpošana vai ievērojams matu izkrišana. Nekavējoties jāziņo arī par roku un kāju pietūkumu, jo tas var liecināt par pavājinātu nieru darbību. Sejas pietūkums, īpaši, ja to pavada elpošanas problēmas vai apgrūtināta rīšana, var liecināt par potenciāli dzīvībai bīstamu alerģisku reakciju, ko sauc par anafilaksi. Sāpes vēderā, kas atdarina skābes refluksa sāpes, ir jānovērtē, lai pārliecinātos, ka nav nopietnu gremošanas komplikāciju.
Daži cilvēki, iespējams, nevar droši lietot glikozamīna hondroitīna piedevas. Ja šie pacienti nolemj lietot šo piedevu, ieteicama rūpīga medicīniska uzraudzība. Tiem, kuri lieto zāles, piemēram, asins šķidrinātājus vai kuriem ir bijuši asiņošanas traucējumi, jāievēro īpaša piesardzība, lietojot šo papildinājumu. Pacientiem, kuriem ir alerģija pret vēžveidīgajiem, jāizvairās no šī produkta lietošanas, jo tas parasti ir izgatavots no šo jūras radību čaumalām. Grūtniecēm un sievietēm, kas baro bērnu ar krūti, parasti ieteicams izvairīties no šīs zāles.