Finansējumu bezpeļņas organizācijām var saņemt no daudzām vietām. Dotācijas un līgumi bieži nodrošina lielu daļu no organizācijas līdzekļiem. Klientu maksas un komerciālie pasākumi ļauj organizācijām nopelnīt finansējumu arī programmām.
Fondu un valsts dotācijas bieži vien nodrošina ievērojamu finansējuma daļu bezpeļņas organizācijām. Aģentūras bieži sagatavo dotāciju priekšlikumus, īstenojot jaunu programmu, lai lūgtu finansiālu palīdzību no valdības vai fonda. Ja organizācijai tiks piešķirta dotācija, tā saņems naudas summu, kas tiks iztērēta konkrētiem mērķiem, pamatojoties uz priekšlikumu un finansējuma avota noteikto. Dotāciju atjaunošana var būt pieejama, kad sākotnējie līdzekļi ir iztērēti.
Līgumi, īpaši valdības līgumi, ir izplatīts bezpeļņas organizāciju finansējuma avots. Ja bezpeļņas aģentūra sniedz pakalpojumu, kas varētu būt noderīgs citām organizācijām, piemēram, invalīdu transportēšanu, aģentūra var saņemt līgumu no valdības vai citas organizācijas par pakalpojuma sniegšanu. Līgumā parasti ir noteikts laika ilgums un maksājuma process. Populāri līgumu veidi ir izmaksu atlīdzināšanas, izpildes un pārvaldītas aprūpes līgumi, un izmantotais veids nosaka maksājumu aprēķinu.
Pretēji izplatītajam uzskatam, bezpeļņas organizācija var gūt peļņu, ja vien tā tērē līdzekļus, sniedzot pakalpojumu saviem klientiem. Klientu maksas iekasēšana par sniegtajiem pakalpojumiem var būt galvenais bezpeļņas organizācijas finansējuma avots. Nav nekas neparasts, ka klientu maksas sedz daļējus vai pilnus programmas izdevumus. Dažos gadījumos maksas, kas iekasētas no populāras programmas, varētu nodrošināt pietiekami daudz līdzekļu, lai segtu arī citu organizācijas pārvaldīto programmu izdevumus.
Papildus klientu maksām komerciālie uzņēmumi dažreiz nodrošina finansējumu bezpeļņas organizācijām. Dažas labdarības organizācijas pārdod preces, lai nopelnītu naudu savām programmām. Piemēram, pensionāru kopiena var pārdot iedzīvotāju radītos amatniecības izstrādājumus. Lai nezaudētu savu bezpeļņas statusu, kas atbrīvots no nodokļiem, komerciālajam uzņēmumam ir jābūt tieši saistītam ar organizācijas misiju, un uzņēmums nedrīkst kļūt pārāk liels. Tiešsaistes veikalu fasādes ir populāras bezpeļņas organizāciju komercuzņēmumu tirdzniecības vietas, jo to ieviešana vai uzturēšana maksā maz.
Labdarības atgādinājumu fondi un novēlējumu programmas nodrošina arī ilgtermiņa finansējumu bezpeļņas organizācijām. Labdarības atgādinājumu fondos ziedotāji organizācijai nodrošina akcijas, obligācijas vai skaidru naudu, saņemot atbrīvojumu no nodokļiem un garantētus ienākumus uz mūžu. Pēc donora nāves organizācija saņem atlikušo uzticības daļu. Tāpat novēlējuma programmas ļauj cilvēkiem atstāt daļu no saviem aktīviem organizācijai. Ziedotāji būtībā iekļauj organizāciju savos testamentos, un organizācija saņem ziedojumu, kad ziedotājs nomirst.