Ir vairāki gremošanas sistēmas enzīmu veidi, no kuriem katrs ir paredzēts dažādu pārtikas daļu sadalīšanai, kas atrodas dažādos gremošanas sistēmas punktos. Galvenās fermentu kategorijas ir amilāze, lipāze, proteāze un nukleāze. Dziedzeri mutē, kuņģī, tievās zarnās un aizkuņģa dziedzerī izdala dažus vai visus no tiem, pārtikai ejot pa gremošanas traktu, lai organisms to varētu sadalīt un izmantot. Lielākā daļa gremošanas enzīmu ir atrodami aizkuņģa dziedzera sulā, lai gan tie ir arī siekalās un kuņģa gremošanas sulā.
Viens no pirmajiem fermentiem, kas sāk gremošanas procesu, ir amilāze. Šis fermentu veids ir paredzēts, lai sadalītu ogļhidrātus vienkāršos cukuros, kurus organisms var pārstrādāt. To vispirms izdala siekalu dziedzeri mutē, kur tas sāk sagremot pārtiku, piemēram, augļus, dārzeņus un pupiņas. Pēc tam aizkuņģa dziedzeris ražo vairāk amilāzes un nosūta uz tievo zarnu, kur tā turpina palīdzēt sadalīt ogļhidrātus. Ir vairākas amilāzes apakškategorijas, no kurām katra ir paredzēta noteikta veida ogļhidrātu apstrādei; piemēram, laktāze sadala piena cukurus, bet saharāze noārda sarežģītās cietes un cukurus.
Proteāze ir gremošanas sistēmas enzīmu grupa, kas sadala gaļā, riekstos un sieros esošās olbaltumvielas. Kuņģis un aizkuņģa dziedzeris veido proteāzi, tāpēc olbaltumvielu pārstrāde sākas tālāk gremošanas sistēmā nekā ogļhidrāti. Olbaltumvielas ir jāsadala aminoskābēs, kas ir būtiskas visu šūnu funkcionēšanai. Galvenie proteāzes veidi, kas atrodami cilvēka organismā, ir pepsīns un peptidāze.
Vēl viens no gremošanas sistēmas enzīmiem ir lipāze. Lipāzes funkcija ir sadalīt taukus, piemēram, tos, kas atrodami eļļās, gaļā un piena produktos. Dažas lipāzes veidojas mutē un kuņģī, bet lielākā daļa tās nāk no aizkuņģa dziedzera un veic savu darbu tievajās zarnās. Šeit tas darbojas ar žulti, ko ģenerē aknas, kas emulģē lielās tauku molekulas, padarot tās mazākas, lai lipāze varētu to tālāk sadalīt glicerīnā un taukskābēs.
Aizkuņģa dziedzeris ģenerē arī galīgo gremošanas sistēmas enzīmu – nukleāzi. Šis enzīms ir izveidots, lai sadalītu nukleīnskābes, piemēram, DNS un RNS. Tas darbojas, lai atdalītu saites starp nukleotīdiem, kas pēc tam atbrīvo slāpekli un vienkāršos cukurus.