Terapeitiskā klonēšana ietver šūnu un ķermeņa audu replikāciju medicīniskai lietošanai. Klonēšanas ietekme uz tik dažādiem apstākļiem kā orgānu mazspēja un bojātas audu funkcijas ir daudzsološas, kā arī kopējās zinātniskās izpētes vērtība. Tādējādi daudzas ievērojamas zinātnes un medicīnas organizācijas atbalsta šūnu klonēšanu, bet vairāki kritiķi — zinātniski un citādi — nosoda šo praksi. Viņi apgalvo, ka terapeitiskās klonēšanas aktualitātes neattaisno solījumus un dažos gadījumos var izrādīties bīstamas. Vēl svarīgāk, pretinieki saka, ka terapeitiskā klonēšana rada nopietnus ētiskus jautājumus par dzīvību un nāvi.
Embriji var radīt unikālas cilmes šūnas, kuras var ieaudzēt jebkura veida orgānu šūnās vai audos. Ja pacientam ir bojāta sirds, klonētas šūnas var izmantot, lai izveidotu veselīgas sirds audu šūnas. Personu, kas cieš no smagiem apdegumiem, varētu ārstēt ar klonētām ādas šūnām, nevis ar sāpīgām un neparedzamām ādas transplantācijas procedūrām. Ja indivīdam ir muguras smadzeņu traumas, klonētas nervu šūnas kādu dienu var ļaut šai personai atkal staigāt. Iepriekš minētie ir tikai daži no iespējamiem ieguvumiem, ko varētu sniegt klonēšana.
Vēl cerīgāk ir tas, ka orgānu transplantācijas atgrūšanas iespēja ir ievērojami samazināta, jo tikko klonētie orgāni nāks no slimā indivīda paša šūnām. Cilvēku klonēšanas sasniegumi katru gadu vairojas, bet zinātnieki jau ir guvuši zināmus panākumus cūku vai citu dzīvnieku audu klonēšanā medicīniskiem nolūkiem. Tā kā cūkām ir līdzīga orgānu sistēma kā cilvēkiem, zīdītāji ir ideāli kandidāti fundamentālajiem pētījumiem un pat orgānu transplantācijai.
Atbalstītāji norāda uz klonēšanas izmantošanu slimnīcu apstākļos, taču vispārējās medicīniskās izpētes potenciāls ir vēl vilinošāks. Šūnu attīstība ir būtiska saikne, lai izprastu sarežģītus apstākļus, piemēram, iedzimtus defektus un vēzi. Ja klonētās šūnas ļauj zinātniekiem labāk izprast normālu šūnu attīstību, tad līdz ar to viņi arī gūs ieskatu par daudzu defektu un vēža patoloģisku šūnu attīstības cēloņiem. Turklāt klonētās šūnas varētu ļaut manipulēt ar ģenētiskām slimībām un to iespējamu likvidēšanu.
Tomēr dažu nozares vadošo zinātnieku pierādījumi liecina par dažiem nopietniem terapeitiskās klonēšanas trūkumiem. Patiesībā daudzi medicīniskās klonēšanas vingrinājumi nav veiksmīgi. Liels skaits klonētu šūnu satur defektus, kas galu galā pārspēj to pašu mērķi kā dziedināšanas līdzekli. Pat daudziem pilnībā klonētiem organismiem rodas būtiski defekti un tie priekšlaicīgi mirst. Klonētu organismu šūnu izmantošana var radīt nepatiesu cerību un, iespējams, nepareizu ārstēšanu.
Lai gan medicīniskās bažas ir pamatotas, neapšaubāmi visizteiktākā domstarpība par jebkāda veida klonēšanu rodas no personām, kuras ir iesaistītas embriju klonēšanas jomā. Tāpat kā abortu atbalstītāju un pretinieku domas dalās jautājumā par to, kad sākas dzīvība, tas pats jautājums izraisa kaislīgas diskusijas par klonēšanu. Kritiķi apgalvo, ka klonētus embrijus nevajadzētu izmantot medicīniskiem eksperimentiem, jo tie ir dzīvotspējīgas dzīvas būtnes ar savām tiesībām. Embrijam ir DNS un pilns genoms; tai ir visas iespējas izaugt par nobriedušu cilvēka augli.
Iespējamās problēmas, ko rada terapeitiskā klonēšana un klonēšana kopumā, var risināt tālāk. Reliģiskām personām var šķist, ka klonēšana traucē radīšanas jautājumiem, ko vislabāk atstāt garīgām būtnēm vai dabai. Ja pilnībā tiks veikta cilvēka klonēšana, iegūtajiem organismiem var tikt atņemta individualitāte un tie var tikt izmantoti kā vienkāršas orgānu izņemšanas sistēmas saviem donoriem. Šādu bažu dēļ daudzi reģioni ir aizlieguši klonēšanas praksi.