Lai gan tas notiek salīdzinoši reti, dažiem cilvēkiem ir alerģija pret tomātiem un, ēdot tos, var rasties vairāki nepatīkami simptomi, īpaši, ja tie ir neapstrādāti. Simptomi parasti parādās sākotnēji mutē un ap to, lūpas, mēle un kakls vispirms kļūst niezoši un pēc tam bieži pietūkst. Dažiem cilvēkiem var rasties arī nātrene vai niezoši izsitumi citās ādas vietās. Bieži sastopami arī kuņģa-zarnu trakta simptomi, tostarp slikta dūša, vemšana un caureja. Smagāka, sistēmiskā reakcija var izraisīt apgrūtinātu elpošanu, ģīboni un pat anafilaktisku šoku vai nāvi.
Pirmā vieta, kur bieži parādās tomātu alerģijas simptomi, ir pirmā pakļautā vieta: mute. Bieži vien alerģisks cilvēks sāk niezēt uz lūpām un ap lūpām, uz mēles un pat rīklē neilgi pēc ēšanas. Tam bieži seko pietūkums tajās pašās vietās. Kakla pietūkums var būt īpaši problemātisks, jo tas var apgrūtināt elpošanu.
Alerģija pret tomātiem var izraisīt arī ādas reakciju citās ķermeņa vietās. Dažiem cilvēkiem rodas niezoši nātreni, kas var rasties uz visas ādas vai tās. Viņiem var rasties arī izsitumi, kas var būt pastāvīgi, ja viņi no uztura neizņem tomātus.
Alerģijas lēkmes laikā organisms var mēģināt atbrīvoties no alergēna ar kuņģa-zarnu trakta reakciju. Alerģiskajam cilvēkam var būt slikta dūša un vemšana, lai izvilktu tomātu. Viņam vai viņai var būt arī caureja kā daļa no ķermeņa reakcijas.
Dažos gadījumos alerģija pret tomātiem var būt smaga un izraisīt nopietnus simptomus. Diezgan bieži alerģiska reakcija sākas diezgan viegli un ar katru nākamo epizodi pakāpeniski pasliktinās. Tie, kuriem ir smaga tomātu alerģija, var sēkt un viņiem ir grūti elpot. Tas var izraisīt asinsspiediena pazemināšanos, kā rezultātā personai var rasties reibonis un ģībonis. Ja viņš vai viņa ātri nesaņem medicīnisko palīdzību, reakcija galu galā var izraisīt anafilaktisku šoku, sirds vai elpošanas mazspēju un pat nāvi.
Cilvēki, kuriem ir alerģija pret tomātiem, var arī vēlēties ievērot piesardzību, uzņemot vienas ģimenes augus. Divi cieši saistīti pārtikas produkti, kas parasti izraisa simptomus tiem, kam ir alerģija pret tomātiem, ir kartupeļi un baklažāni. Arī tabaka ir cieši saistīta ar tomātu, tāpēc arī smēķēšana dažkārt var izraisīt alerģisku reakciju.