Vēža protonu terapijas priekšrocības ietver to, ka tā ir precīzāka nekā alternatīva ārstēšana un mazāka iespējamība izraisīt apkārtējo audu bojājumus. Protonu terapiju var arī precīzi mērķēt uz precīzu audzēja dziļumu, samazinot citu ķermeņa daļu bojājumus. Tomēr ārstēšana var izraisīt tādas pašas blakusparādības kā citi staru terapijas veidi, un tā ir arī dārga.
Viena no galvenajām protonu terapijas priekšrocībām ir tā, ka tai ir mazāka iespēja izraisīt smagas blakusparādības nekā citiem terapijas veidiem. Tas ir tāpēc, ka protoni ir lielāki un smagāki par daļiņām, ko izmanto cita veida staru terapijā. Lielāka masa nozīmē, ka protoni tik daudz neizkliedējas citās ķermeņa daļās, samazinot blakus esošo audu bojājumus.
Ir arī vieglāk mērķēt protonus uz noteikta dziļuma audiem. Ja tiek izmantots cita veida starojums, piemēram, rentgena starojums, ir grūti panākt, lai starojums apstātos precīzā vēža dziļumā. Tas nozīmē, ka starojums turpinās un var ietekmēt citas ķermeņa daļas. No otras puses, protonu enerģiju var regulēt, lai lielākā daļa no tiem nevarētu iekļūt tālāk, nekā nepieciešams.
Tiek uzskatīts, ka vēža protonu terapija rada mazāk blakusparādību nekā citi staru terapijas veidi. Tomēr joprojām pastāv vairākas blakusparādības, kas var rasties, to lietojot, lai gan tās ir atkarīgas no ārstēšanas vietas un nepieciešamās devas. Blakusparādības, kas rodas drīz pēc ārstēšanas, piemēram, rīkles čūlas, pietūkums vai neauglība atkarībā no terapijas vietas, ir zināmas kā akūtas. Vēlīnās blakusparādības, piemēram, ādas elastības samazināšanās, sirds slimības un pat sekundārie vēzi, retos gadījumos, bieži vien prasa vairākus gadus, nevis nedēļas, lai tie kļūtu pamanāmi. Daudzi pacienti, kuriem vēža ārstēšanai nepieciešama neliela protonu terapija, vispār necieš no blakusparādībām.
Galvenais vēža protonu terapijas trūkums ir tas, ka tā ir dārga. Tas var neuztraukties pacientam, uz kuru attiecas medicīniskā apdrošināšana, taču dažkārt tas var radīt problēmas ar apdrošināšanas sabiedrību. Tiek lēsts, ka protonu terapija var maksāt līdz pat trīs reizēm vairāk nekā tradicionālā vēža staru terapija, lai gan tiek pieliktas pūles, lai izstrādātu rentablāku alternatīvu, kas joprojām var būt tikpat efektīva slimības ārstēšanā.