Bieži jaundzimušo mirstības cēloņi ir priekšlaicīgas dzemdības, iedzimtas slimības un infekcija. Precīzas likmes atšķiras atkarībā no valsts. Jaunattīstības valstīs tādi jautājumi kā nepietiekams uzturs un slimības ir bieži sastopami jaundzimušo mirstības cēloņi, savukārt attīstītajās valstīs ar priekšlaicīgām dzemdībām saistītie iedzimtie stāvokļi un komplikācijas ir statistikas augšgalā. Vairākas organizācijas, piemēram, Pasaules Veselības organizācija, ir iesaistījušās kampaņās, lai samazinātu novēršamo jaundzimušo mirstību, kā arī māšu nāves gadījumu skaitu.
Termins “jaundzimušo mirstība” attiecas uz zīdaiņu nāvi 28 dienu laikā pēc dzimšanas. Iedzimšanas defekti ir izplatīts cēlonis; dažos gadījumos tās netiek identificētas pirms dzemdībām, bet citos gadījumos tās tiek diagnosticētas un vecāki turpina grūtniecību, apzinoties riskus. Daudzi iedzimti defekti var izraisīt nāvi neilgi pēc piedzimšanas, jo tie traucē tādām galvenajām funkcijām kā elpošana. Šādos gadījumos zīdainim var sniegt tikai atbalstošu aprūpi. Citi iedzimtie defekti ir pārvaldāmi, taču tos nevar ārstēt reģionos, kur piekļuve veselības aprūpei ir ierobežota, izraisot jaundzimušo mirstību.
Priekšlaicīgas dzemdības ir vēl viens izplatīts vaininieks. Lai gan attīstītajās valstīs ir radikāli uzlabojusies aprūpe priekšlaicīgi dzimušiem zīdaiņiem, pārāk agri dzimušiem bērniem joprojām ir ievērojams komplikāciju risks, piemēram, infekcijas un sirds aritmija. Valstīs, kur sievietes nevar piekļūt augstas kvalitātes slimnīcas aprūpei priekšlaicīgas dzemdību laikā, zīdaiņa izdzīvošanas iespējas radikāli samazinās. Dažos gadījumos pamata aprūpe, piemēram, zīdaiņa uzturēšana siltā un labi pabarota, var būt vienīgā pieejamā medicīniskā aprūpe.
Vēsturiski dehidratācija caurejas rezultātā bija ļoti izplatīts jaundzimušo mirstības cēlonis jaunattīstības valstīs. Starptautisko veselības organizāciju centieni izglītot vecākus par rehidratācijas risinājumu lietošanu ir samazinājuši šo kopējo riska faktoru. Zīdaiņi var arī nomirt nepietiekama uztura dēļ, kas ir izplatīta problēma bada laikā, un no tādām infekcijām kā pneimonija, jo viņu ķermenis ir pārāk trausls, lai cīnītos pret infekciju.
Vēl viens jaundzimušo mirstības cēlonis ir pēkšņas zīdaiņu nāves sindroms (SIDS). Šo stāvokli var novērot dažādos apstākļos, sākot no valstīm, kurās ir lieliska piekļuve veselības aprūpei, līdz attāliem apgabaliem, kur mātēm un bērniem tiek nodrošināta ierobežota aprūpe. SIDS cēloņi nav labi saprotami, un pat tad, ja vecāki ievēro tādus praktiskus ieteikumus kā apstiprinātas gultas veļas lietošana, tas joprojām var notikt. Daudzās valstīs tiek veikti pētījumi, lai uzzinātu vairāk par to, kāpēc un kā rodas SIDS, lai izstrādātu labāku praksi tās novēršanai un risināšanai.