Pērles ir dažādās krāsās un toņos, no baltas, krēmkrāsas un rozā līdz melnai ar zilu, zaļu vai violetu nokrāsu. Daudzi faktori ir atbildīgi par pērļu krāsu, taču lielākoties tas ir atkarīgs no nejaušības. Austere ar melnu lūpu parasti nerada baltu pērli, un ir ļoti reti gadījumi, kad citas austeres iegūst melnu pērli. Tomēr, izņemot to, ir maz pārliecības par to, kādas krāsas pērles jūs varat sagaidīt no noteiktām austerēm vai noteiktiem apgabaliem.
Materiālu, kas veido pērli, ko sauc par perlamutru, austere izdala kā atbildi uz kairinātāju čaumalas iekšpusē. Dabiskās pērles ir ārkārtīgi reti sastopamas un dārgas, un tās sastāv no koncentriskiem perlamutra slāņiem ap, iespējams, mikroskopisku sākotnējo kairinātāju, piemēram, smilšu gabalu. Kultivētās pērles iegūst, ievietojot čaumalas kodolu, kas parasti ir ideāli apaļš, un ļaujot ap to izveidoties dažiem perlamutra slāņiem.
Pērles krāsu ietekmējošie faktori ietver austeres veidu, perlamutra slāņu biezumu un skaitu, kā arī, iespējams, mikroelementus austeres ūdens vidē. Pērļu ražotājs var arī zināmā mērā ietekmēt pērles krāsu, ievietojot austeres saimnieka austerē audus no citas austeres kopā ar čaumalas kodolu. Pērles krāsu nosaka dažādu faktoru kombinācija: pamatkrāsa, virstonis un zaigojums. Arī kultivētās pērles dažreiz tiek krāsotas.
Jo biezāks perlamutrs, jo bagātāka būs pērles krāsa, un tā parādīs vairāk zaigojuma. Plānais perlamutrs mēdz veidot pienainu pērli ar nedaudziem nokrāsām. Pērles zaigojums ir saistīts ar caurspīdīgā perlamutra slāņiem, kas pārklājas.
Pērles krāsa var ietekmēt vai neietekmēt tās izmaksas, lai gan krāsas viendabīgums padara pērles vērtīgākas. Melnās pērles agrāk bija diezgan retas un ļoti vērtīgas, taču tagad tās ir kultivētas un līdz ar to daudz plašāk pieejamas. Dabīgās baltās pērles ir retākas un vērtīgākas nekā kultivētās melnās pērles. Labākā krāsa lielā mērā ir personiskas izvēles jautājums vai kāds, kas visvairāk glaimo cilvēka ādas toni, lai gan pastāv reģionālās preferences un var ietekmēt cenu.