Daudzi ir ievērojuši, ka pupiņām var būt ietekme uz kuņģa-zarnu traktu, kas bieži izpaužas gāzu veidā. Šī tendence ir tik ļoti saistīta ar pupiņām, ka uz to atsaucas populārā bērnu atskaņa. Tomēr daudzi citi pārtikas produkti var palielināt gāzi, tostarp citi pākšaugi, ziedkāposti, kāposti, Briseles kāposti un sīpoli. Tas ir tāpēc, ka cilvēka ķermenim ir grūti sadalīt noteiktus cukurus šajos pārtikas produktos; pupiņas izraisa gāzes, jo tajās bieži ir īpaši daudz šī cukura.
Lai gan lielākā daļa cilvēku to nezina, lielākā daļa no pupiņu radītās gāzes patiesībā ir bez smaržas. Aromātiskā daļa galvenokārt ir gaistoši sēra savienojumi. Konkrētas gāzes, piemēram, sērs, var arī izdalīties, jo baktērijas zarnās apstrādā citas ēdienreizes daļas. Lai gan gāze var nesmaržot īpaši labi, tā kopumā nav kaitīga. Ja tas ir īpaši noraizējies, pusdienotāji nevēlēsies kombinēt pupiņas ar citiem smaržīgiem pārtikas produktiem, piemēram, sīpolu ģimenes locekļiem.
Pupiņās esošā viela, kas izraisa gāzi, ir oligosaharīds, cukura veids, ko cilvēka ķermenis parasti nesagremo. Pupiņas izraisa gāzes, kad šis cukurs nonāk resnajā zarnā, kurā ir daudz baktēriju. Tā kā cukurs nav sadalīts agrākos gremošanas procesa posmos, šīs baktērijas to izmanto kā uztura avotu, patērē to un ātri vairojas. Iegūtā gāze ir baktēriju gremošanas procesa blakusprodukts.
Pupās ir arī daudz šķiedrvielu, kas ir vēl viena viela, kurai ir tendence palielināt gāzes veidošanos. Turklāt tie bieži tiek kombinēti ar piena produktiem burito un citos meksikāņu ēdienos; daudziem cilvēkiem ir zināmas šādas pārtikas sekas, it īpaši, ja to ātri apēd. Šķiet, ka, ēdot ātri, organismam ir grūtāk sadalīt pārtiku, palielinot gāzu veidošanās iespējamību. Stress var arī veicināt problēmu.
Nepietiekami termiski apstrādātas pupiņas lielākos daudzumos izraisa gāzes. Cilvēki, kuri vēlas samazināt risku, var apsvērt iespēju pupiņas pirms vārīšanas mērcēt vismaz astoņas stundas un arī tās izskalot. Konservētas pupiņas arī rūpīgi jāizskalo. Šķiet, ka ūdens izskalo daļu gāzi izraisošā cukura, padarot pupiņas mazāk gaistošas. Gadās arī saīsināt gatavošanas laiku, kas var būt ērti steidzīgajiem pavāriem. Gatavojot pupiņas, ir svarīgi pārliecināties, ka tās izcepas līdz mīkstumam.