Raudzētās pupiņas ir tās, kas ir žāvētas un pēc tam raudzētas ar dažādām garšvielām un sāli. Šāda veida pupiņas visbiežāk izmanto Āzijas kulinārijā. Var fermentēt daudz dažādu veidu pupiņas, tostarp sojas pupiņas, zaļās pupiņas un melnās pupiņas, kā arī daudzas citas. Visu veidu raudzētajām pupiņām ir sava unikāla garša un tekstūra.
Gandrīz visās pupiņās ir daudz cukura un cietes. Kad pupiņas tiek raudzētas, baktērijas vai, retāk, raugs, pārvērš dabiskos cukurus un cieti pienskābē. Šis process palielina pupiņu sagremojamību, kā arī to vitamīnu līmeni.
Melnās pupiņas, ko bieži dēvē par ķīniešu melnajām pupiņām vai sālītām pupiņām, faktiski ir izgatavotas no melnajām sojas pupiņām, kas ir pakļautas fermentācijas procesam. Iegādājoties šīs pupiņas, tās visbiežāk tiek pārdotas kaltētā veidā, un pirms lietošanas tās ir jāizskalo, jo tajās ir liels sāls saturs. Tos var pasniegt veselus vai arī pirms lietošanas tos var izmērcēt vai sasmalcināt. Melno pupiņu mērci, kas ir izplatīta sastāvdaļa daudzās ķīniešu receptēs, gatavo no šīm raudzētajām pupiņām.
Fermentētās sojas pupiņas, kurām ir bijis nedaudz atšķirīgs fermentācijas process nekā Ķīnas melnajām pupiņām, ir bagātīgi brūnā krāsā un ar ļoti spēcīgu smaržu. Japānā populārās pupiņas parasti sauc par natto. Tos bieži pasniedz brokastīs kopā ar lipīgajiem rīsiem.
Dilles pupiņas ir zaļās pupiņas, kas ir marinētas vai raudzētas. Šāda veida raudzētās pupiņas ir mērcētas ūdens un sāls vannā ar pievienotām garšvielām, līdz tās sāk piesātināt ar skābekli. Tas tiks pierādīts, kad pupiņas sāks izdalīt sīkus gaisa burbuļus, kas norāda uz fermentācijas procesa sākšanos. Ūdenim un sāls šķīdumam pievieno dilles, tāpēc šīs raudzētās pupiņas ieguvušas savu nosaukumu. Dillijas pupiņas ir populāra piedeva asiņainajam Marijas kokteilim, nevis selerijas kociņam.
Dzeltenās vaska stabu pupiņas arī bieži tiek raudzētas. Līdzīgi kā diļļu pupiņas, šīs pupiņas raudzē ūdenī un garšvielās, parasti arī ķiplokos. Ķiploki labi kontrastē ar vaska pupiņu garšu, kas dažiem var būt nedaudz bezgaršīga. Šīs pupiņas bieži pievieno salātiem vai arī var pasniegt marinētu gurķu vietā pie hamburgera.
Raudzētas pinto pupiņas ir jauks papildinājums jebkurai latīņu maltītei. Tos var pievienot taco, salātiem un pat brokastu burito. Šīs pupiņas var arī viegli sasmalcināt, lai izveidotu biezu pastu, ko var izmantot ceptu pupiņu vietā.