Apdraudēta ekosistēma ir dabiska vide, kurai draud sabrukums un izzušana cilvēku darbības, piesārņojuma un sugu izzušanas vai pārapdzīvotības un citu faktoru dēļ. Dzīvas un nedzīvas būtnes mijiedarbojas, veido savstarpēji atkarīgas attiecības un apmainās ar enerģiju un vielu ekosistēmās, kas var būt tikpat lielas kā planēta vai tik mazas kā zivju bļoda. Ja tiek izjaukta savstarpējā atkarība starp vides sugām un fizikāliem un ķīmiskiem faktoriem, ekosistēma kļūst apdraudēta un, iespējams, var pilnībā izjukt. Ekosistēmas sabrukuma sekas ir masveida izmiršana, nekontrolējamu sugu populāciju pieaugums, cilvēku pārtikas piegādes traucējumi, erozija, plūdi, klimata pārmaiņu paātrināšanās un lielu dabiskās vides reģionu sairšana.
Apdraudētai ekosistēmai ir daudzi dabas un cilvēku cēloņi, kas bieži vien izjauc ekosistēmas barības ķēdi un fizisko vidi. Atsevišķu ūdens sugu, piemēram, haizivju vai zilo tunzivju, pārzveja var negatīvi ietekmēt barības ķēdi, noplicinot lielos plēsējus, kas neļauj kontrolēt mazāku sugu populācijas. Bez lielajiem plēsējiem daudzas sugas vairosies, pārsniedzot tiešās vides spēju tos uzturēt, tādējādi izraisot resursu un pārtikas samazināšanos un apdraudētu ekosistēmu.
Kad pašreizējās ekosistēmas resursi ir izsmelti, pāraudzēta suga var pārvietoties uz jaunu vidi, kur tā var kļūt invazīva un postoša. Sugas ekosistēmā var ieviest arī cilvēks, cenšoties kontrolēt vietējo dzīvnieku vai kukaiņu populāciju, bet tā vietā tām ir graujoša ietekme.
Piesārņojošām vielām var būt domino efekts uz apdraudēto ekosistēmu, iznīcinot fizisko vidi un nogalinot vai mutējot sugas. Piemēram, ūdens ekosistēmā ievests piesārņotājs var nogalināt augus, ko patērē lielākās zivis un vēžveidīgie. Šīs zālēdāju sugas sāk iet bojā un tādējādi noplicina sistēmas plēsīgo plēsēju barības avotus, kas arī lielā skaitā iet bojā vai migrē uz jaunu ekosistēmu, meklējot iztiku. Turklāt piesārņotāji var izraisīt ekosistēmas sugu mutāciju, izraisot visu, sākot no neauglības līdz papildu ekstremitātēm un kropļojošiem fiziskiem defektiem.
Celtniecība, attīstība un citas cilvēka darbības, tostarp medības, var izraisīt apdraudētu ekosistēmu. Nepareizi vadītas vai pārmērīgas medības var vājināt sugas populāciju, izraujot dzīvniekus ātrāk, nekā tie spēj vairoties, un tādējādi pārtraukt barības ķēdi. Būvniecība un attīstība var iznīcināt ekosistēmas fizisko vidi, no kuras ir atkarīga dzīvo sugu izdzīvošana. Ja vien apdraudētās ekosistēmas sugas nevarēs veiksmīgi pārvietot, tām var draudēt izzušana.