Iekšējais motors ir tāds, kuram tikai neliela piedziņas vārpstas daļa kopā ar dzenskrūvi ir iegremdēta ūdenī. Parasti šādos gadījumos galvenā iekšējā laivas motora daļa atrodas laivā, parasti netālu no centra, īpaši mazākos amatniecības darbos. Laivu iekšējiem motoriem ir dažas priekšrocības un trūkumi, kad runa ir par braukšanu pa ūdeni.
Vairumā gadījumu iekšējie motori tiek doti priekšroka ūdensslēpošanai un, iespējams, vispārējai kruīzai. Tie parasti aizņem mazāk laika, lai sasniegtu lidmašīnu, un tie neizraisa priekšgala pacelšanos tik daudz kā piekaramajam dzinējam, sasniedzot šo lidmašīnu. Tas ir lieliski piemērots arī laivotājiem, kuri uztraucas par dažām sekundēm, kad viņi, iespējams, nevar tieši redzēt, kas atrodas viņu priekšā. Iekšējais motors to padara iespējamu, jo tas netērē tik daudz enerģijas, paceļot laivas priekšpusi.
Turklāt iekšējais motors ir populārs slēpotājiem, jo tas vairāk notur laivu saskarē ar ūdeni. Tas var atvieglot pamošanos un vienmērīgāku slēpošanas pieredzi. Tomēr daži slēpotāji var dot priekšroku izaicinājumam, kas nāk kopā ar lielākiem pamošanās gadījumiem, un dod priekšroku tām aktivitātēm, piemēram, lēkšanai pa kājām.
Tomēr kaut kas tiek atmests arī ar iekšējo motoru. Fakts, ka tas tik ļoti saskaras ar ūdeni, vismaz salīdzinājumā ar piekarināmajiem dzinējiem, nozīmē, ka laivas izjūt ievērojami lielāku pretestību. Tas var palēnināt laivas darbību, salīdzinot ar piekarināmiem motoriem ar līdzīgu zirgspēku. Tāpēc iekšējais motors var nebūt labākā izvēle, ja svarīgs ir ātrums.
Tas ir tikai viens no iemesliem, kāpēc turnīru makšķernieki, piemēram, tie, kas meklē basus vai citas medījamo zivju sugas, dod priekšroku piekarināmajiem motoriem. Arī iekšējai motorlaivai ir ierobežota iespēja noliekt piedziņas vārpstu uz augšu, lai nokļūtu seklākos ūdeņos, kur dažreiz atrodas zivis. To salīdzina ar piekarināmiem motoriem, kurus parasti var pilnībā vai gandrīz pilnībā pacelt no ūdens, lai piekļūtu šādām zonām.
Daži apgalvo, ka iekšējie motori mēdz kalpot ilgāk nekā piekarināmie. Tomēr to var izskaidrot kā personisku izvēli vai veiksmes jautājumu. Divtaktu dzinēji mēdz nolietoties ātrāk nekā četrtaktu dzinēji, un iekšējie dzinēji galvenokārt ir četrtaktu dzinēji. Tomēr arī mūsdienu piekarināmie ir gandrīz visi četrtaktu motori, tāpēc šī atšķirība vairs nav spēkā, vismaz jaunākiem modeļiem. Arī iekšējais motors mēdz maksāt nedaudz vairāk nekā salīdzināms piekarināmais motors, kas dažiem var radīt priekšstatu, ka kvalitāte ir tikai nedaudz labāka.