Bioloģiski audzēti augi ir tie, kas ražoti, neizmantojot mākslīgos produktus; parasti mēslojums, pesticīdi un herbicīdi. Tā vietā visam, kas tiek uzklāts uz šādām kultūrām, ir jānotiek dabiski, kas nereti nozīmē, ka šo ražu ražošanai nepieciešams vairāk darbaspēka, bet audzētājs garantē, ka tos nav skārušas cilvēka radītas ķimikālijas. Bioloģiskā lucerna ir viena no šādām kultūrām, un to var audzēt kā barību mājlopiem, ko izmanto pārtikas ražošanai vai pārvērš par uztura bagātinātājiem cilvēkiem.
Ražojot bioloģiskās kultūras, nezāles var kļūt par nopietnu problēmu, ja tās netiek atbilstoši kontrolētas. Viena no metodēm, kā samazināt nezāļu augšanu, ir pastāvīgi apstādīt lauku ar organisko lucernu vai seguma kultūru, piemēram, auzu zāli. Izmantojot šo metodi, platība tiek klāta ar vēlamo augu, kas parasti ir biezs un ātri aug, izraujot lielāko daļu nezāļu, pirms tās var sākt darboties. Īsi pirms lucernas stādīšanas auzu zāle tiek uzarta un ļauta sapūt, lai tā kalpotu arī kā mēslojums jeb tā sauktais zaļmēsls un nodrošinātu barības vielas jaunajai kultūrai.
Organisko lucernu parasti mēslo arī ar veciem kūtsmēsliem no zirgu vai liellopu kūts vai novecojušu organisko kompostu, kas var ietvert sapuvušas nopļautās zāles un virtuves atkritumus, kā arī citus augu materiālus. Ir svarīgi, lai viss, kas pievienots kompostam, būtu organisks, jo ķīmiskie piesārņotāji jebkurā procesa posmā var nozīmēt, ka iegūtā lucerna vairs nav īsti organiska. Lielākā daļa bioloģisko kultūru audzētāju izturas pret šādām lietām un dara visu iespējamo, lai izvairītos no iespējas, ka nebioloģiskie materiāli nonāk saskarē ar viņu kultūrām.
Tā kā ķīmiskie pesticīdi noteikti ir cilvēku radīti, bioloģiskās lucernas audzētājiem ir jāatrod citi veidi, kā cīnīties ar kaitēkļiem, kas tiek piesaistīti laukiem. Viena ļoti populāra metode ir dabisko kontroles līdzekļu izmantošana, jo īpaši plēsīgos kukaiņus, kas medī blaktis, kas citādi varētu iznīcināt organisko lucernas ražu. Mārītes, dažas lapsenes, pirātu kukaiņi un dievlūdzēji tiek izmantoti dažādu kaitēkļu apkarošanai, neizmantojot ķīmiskas vielas, kas var būt bīstamas.
Neraugoties uz bioloģiskās lucernas augstākajām izmaksām, daļēji tāpēc, ka tās ražošana ir dārgāka, daudzi cilvēki uzskata, ka ir vērts maksāt papildu izmaksas, lai izvairītos no veselības problēmām, kas pavada tik daudzus cilvēku radītos produktus, kas tiek plaši izmantoti. Ja lucernu izmanto kā dzīvnieku barību, nav iespējams, ka produktīvo dzīvnieku gaļā vai pienā uzkrātos neveselīgi pesticīdi vai citas ķīmiskas vielas. Dažos gadījumos organisko lucernu izmanto, lai pagatavotu uztura bagātinātāju cilvēkiem, un lielākā daļa cilvēku, kas izvēlas lietot šādus uztura bagātinātājus, šķiet, dod priekšroku tam, lai produkts nebūtu izgatavots no lucernas, kas ir pakļauta potenciāli kaitīgām ķīmiskām vielām.