Pretvīrusu rezistence rodas, ja vīrusu vairs nevar iznīcināt pret to lietotās zāles. Šī rezistence ir dabisks vīrusa izdzīvošanas mehānisms, piespiedu evolūcija, ko izraisa spontāna mutācija, kas pēc tam tiek nodota nākamajām paaudzēm. Pretvīrusu rezistence ir pastāvīga problēma medicīnā, un ārstiem ir jābūt gan apdomīgiem, gan radošiem, sekojot līdzi mainīgajiem celmiem.
Rezistence pret pretvīrusu zālēm sākotnēji rodas spontānas mutācijas rezultātā, kas ļauj vairākiem vīrusiem izdzīvot zāļu iedarbību. Pēc tam šī mutācija tiek nodota nākamajām paaudzēm. Ir vairāki veidi, kā mutācija padara vīrusu imūnu. Mutācijas rezultātā vīruss var radīt inhibitora formu, kas vai nu modificē vai deaktivizē pašu medikamentu. Vīruss var mainīt tās vietas konfigurāciju, kurā zāles parasti saistās ar to iznīcināšanai, padarot zāles nespēku saistīties ar tām un tām uzbrukt.
Vīrusa vielmaiņas ceļš var tikt mainīts, ļaujot tam atrast alternatīvus veidus, kā inficēt saimniekorganismu, tādējādi īpaši izstrādātās zāles kļūst neefektīvas. Visbeidzot, vīrusa caurlaidība var samazināties, samazinot zāļu spēju uzkrāties pietiekami lielos daudzumos, lai to pārvarētu. Tā kā šīs īpašības tiek pārnestas no vīrusa paaudzēm, rezultāts ir pret zālēm izturīgs celms. Vīrusu celmi var kļūt izturīgi pret vienu vai vairākām zālēm, kā rezultātā rodas superbaktērijas.
Pretvīrusu rezistence ir nopietna problēma, jo tā ārstiem ievērojami apgrūtina efektīvu cīņu pret vīrusiem. Vīrusi, kas kādreiz bija ārstējami, pēkšņi kļūst neārstējami, un medicīnas aprindām ir jācenšas sekot līdzi. Tādos apstākļos kā HIV, tuberkuloze un gripa ir nepārtraukti jāpēta un jārada jaunas atsevišķas un kombinētas zāles, lai slimību kontrolētu. Pat tādi vīrusi kā stafilokoks, kas bija viegli ārstējams, ir attīstījuši rezistentus celmus. Tas būtiski ietekmē gan pacientus ar nomāktu imūnsistēmu, gan iespējamās pandēmijas ar pretvīrusu rezistenci.
Rezistentus vīrusu celmus lielā mērā izraisa pārmērīga antibiotiku un pretmikrobu līdzekļu izrakstīšana slimībām, ar kurām pacients varētu cīnīties dabiski. Arī šīs zāles bieži tiek lietotas bezatbildīgi, pacientiem pārtraucot zāļu lietošanu, pirms viņi ir lietojuši visu noteikto kursu. Tā rezultātā daži vīrusi izdzīvo un kļūst izturīgi. Tiek vainota arī pārmērīga sadzīves tīrīšanas līdzekļu izmantošana, jo parastie vīrusi tiek pastāvīgi pakļauti produktiem, bet ne vienmēr tiek nogalināti, ļaujot celmiem veidot rezistenci.
Pretvīrusu rezistenci cīnās ar ārstu apdomīgiem un taupīgiem medikamentiem un stingriem ieteikumiem pacientiem lietot visu izrakstīto medikamentu kursu. Vairākas zāles vienlaikus tiek lietotas arī tādu infekciju ārstēšanā kā HIV, cerot, ka vīruss nekļūs rezistents pret visiem, lai gan tas notiek. Visbeidzot, tiek izmantota fāgu terapija, kur pacienta ķermenī tiek izdalīti bakteriofāgi, lai patērētu un iznīcinātu vīrusu.