Kas ir Southern Blot?

Southern blotēšana sākas ar DNS paraugu, kas iegūts no šūnām. DNS apstrādā ar restrikcijas enzīmiem, kas sadala nukleīnskābi dažāda lieluma fragmentos. Pēc tam DNS tiek palaists caur denaturējošu agarozes gēla elektroforēzi. Šis process sadala fragmentus atsevišķos pavedienos, vienlaikus tos atdala arī pēc izmēra.

Nākamais Southern blot solis ir atdalīto DNS fragmentu pārvietošana uz neilona vai nitrocelulozes loksni, kas notur fragmentus nekustīgus. Pēc tam lapu inkubē ar vienpavedienu DNS hibridizācijas zondi. Zondes secība ir veidota tā, lai tā saistās ar DNS secību, kuru eksperimentā mēģina noteikt. Katrs zondes fragments saistīsies ar savu komplementāro DNS sekvenci, ja tāda eksistē paraugā, veidojot divpavedienu DNS sekciju. Zonde ir marķēta ar radioaktīvo izotopu vai fermentu. Vienā eksperimentā var izmantot vairākas zondes.

Kad inkubācija ir pabeigta, Southern blot procesa pēdējais solis ir atklāt vietas, kur zonde ir saistīta ar komplementāru DNS. Ja zonde tika marķēta ar radioaktīvo izotopu, to dara, izmantojot rentgena starus, lai noteiktu vietas, kur zonde ir hibridizējusies ar parauga DNS fragmentiem. Ja izmanto fermentu, tiek veikta turpmāka inkubācija. Šim nolūkam izmantotais enzīms ir tāds, kas, reaģējot ar tā substrātu, rada krāsainu produktu, tāpēc Southern blot tiek pabeigts, pievienojot substrātu, lai atklātu vietas, kur zondes DNS ir saistījusies ar parauga DNS.

Dienvidu bloti ir noderīgi dažādu iemeslu dēļ. Vienkāršākais metodes pielietojums ir izmantot zondi, lai identificētu DNS sekvences, kuras interesē vai kuras ir jāizolē citiem lietojumiem. Southern blotting tiek izmantots arī, lai noteiktu, cik konkrētas secības kopiju ir paraugā. Tas ir iespējams, jo spēcīgāks radioaktīvs vai fermentatīvs signāls tiek ražots, ja ir vairāk secības kopiju, kas ir saistītas ar zondēm.

Vēl viena izplatīta tehnikas izmantošana ir baktēriju un citu mikroorganismu ģenētiskā manipulācija. Šajā gadījumā tiek pārbaudīta baktēriju DNS, lai noteiktu, vai baktērijās ir veiksmīgi ievadīta sveša DNS. Southern blotēšana ir arī restrikcijas fragmenta garuma polimorfisma tehnikas pamats.