Bērnu nepietiekamu uzturu izraisa gan ārējie, gan iekšējie faktori. Bērni saņem nepietiekamu uzturu, ja viņi savā uzturā nesaņem atbilstošu uzturvielu, piemēram, vitamīnu un minerālvielu, daudzumu. Dažos gadījumos nepietiekams uzturs rodas tāpēc, ka bērnam ir slimība, kas neļauj organismam uzņemt nepieciešamās uzturvielas. Citos gadījumos bērni ir nepietiekami baroti, jo viņiem nav pieejams pietiekami daudz pārtikas.
Apstākļi, kas var izraisīt nepietiekamu uzturu bērniem, ja tie netiek pienācīgi ārstēti, ir celiakija un laktozes nepanesamība. Bērni ar celiakiju nevar paciest lipekli, olbaltumvielas, kas atrodamas kviešos un dažos citos graudos. Ar celiakiju bērna imūnsistēma uzbrūk lipeklim, kas var izraisīt zarnu bojājumus, novēršot barības vielu uzsūkšanos.
Pazīmes, kas liecina, ka bērnam var būt celiakijas izraisīts nepietiekams uzturs, ir svara zudums un anēmija. Bērns var arī nesaņemt pietiekami daudz kalcija, izraisot rahītu vai mīkstinātus kaulus. Celiakijas simptomi ir arī vēdera uzpūšanās un caureja.
Laktozes nepanesamība ir vēl viens stāvoklis, kas var izraisīt bērnu nepietiekamu uzturu. Daudziem bērniem ir nepieciešami piena produkti, lai uzturā iegūtu pietiekamu kalcija daudzumu. Bērni, kuriem ir laktozes nepanesamība, nevar pareizi sagremot pienu un citus piena produktus un var no tiem izvairīties. Viens veids, kā izvairīties no nepietiekama uztura bērniem, ko izraisa laktozes nepanesamība, ir ēst citus kalcija avotus, piemēram, lapu zaļumus un riekstus.
Vēl viens medicīnisks stāvoklis, kas var izraisīt nepietiekamu uzturu, ir cistiskā fibroze. Kad bērnam ir cistiskā fibroze, gļotādas šūnas veido biezu gļotu, kas aizsprosto elpceļus, kā arī caurules, kas savieno zarnas un aizkuņģa dziedzeri. Savienojums starp aizkuņģa dziedzeri ir nepieciešams, lai transportētu enzīmus, kas palīdz bērna ķermenim absorbēt olbaltumvielas un vitamīnus A, C un K. Ja caurules ir bloķētas, var rasties nepietiekams uzturs.
Dažiem zīdaiņiem un bērniem var rasties nepietiekams uzturs, ja viņi cieš no stāvokļa, kas padara ēšanu nepatīkamu. Zīdainis ar skābes refluksa slimību var atteikties ēst. Ja stāvokli neārstē, viņam var attīstīties disfāgija, kas padara rīšanu sāpīgu vai dažos gadījumos neiespējamu.
Adekvāta uztura trūkums ir vēl viens bērnu nepietiekama uztura cēlonis. Ļoti mazs bērns var iegūt nepietiekamu uzturu, ja viņš nesaņem pareizu uzturu no savas mātes tūlīt pēc piedzimšanas. Bērniem valstīs, kur ir maz pārtikas vai kur valda nabadzība, ir lielāks nepietiekama uztura risks nekā bērniem, kas dzīvo attīstītajās valstīs, kur daudzi pārtikas produkti ir bagātināti ar papildu vitamīniem un uzturvielām.