Ķīmijterapijas zāles ir vērstas uz specifiskām vēža šūnu īpašībām, kas ir patoloģiskas šūnas, kuru ģenētiskais materiāls ir mutējis. Mutāciju līmenis ir tik augsts, ka katrs audzējs sastāv no šūnām ar dažādām mutācijām. Tie var ļaut šūnai un tās produktiem mainīt izskatu. Pretvēža zāles var neatpazīt mērķa šūnas, vai arī audzējs var aktīvi bloķēt zāļu darbību. Tāpēc mutācijas un to rezultāti ir ļoti svarīgi pētījumos par zāļu rezistenci vēža ārstēšanā.
Zāļu rezistence vēža gadījumā attīstās, ja audzējs satur gan jutīgas, gan rezistentas šūnas. Zāles nogalina jutīgās šūnas, bet atstāj rezistentās. Sākotnēji zāles var samazināt audzēju, un šķiet, ka ārstēšana darbojas.
Tā kā vēža šūnām ir raksturīgs tas, ka tās nekontrolējami vairojas, vēža paliekas var atsākt augt. Tāpēc ķīmijterapija parasti izmanto vairāk nekā vienu medikamentu. Zāļu dažādās darbības var mērķēt uz šūnām ar dažādām mutācijām.
Katru reizi, kad šūna vairojas, ģenētiskais materiāls šūnā var ciest no mutācijas, kas ir izmaiņas ģenētiskajā secībā. Šūnas gēni ir šīs šūnas struktūras un produktu projekts. Mutācijas var būt labvēlīgas, neitrālas vai kaitīgas šūnai. Noderīgas mutācijas dažreiz ļauj šūnai izdzīvot uzbrukumu, un tas izraisa rezistenci pret zālēm vēža gadījumā.
Reizēm vēža šūnās var būt neparasti daudz hromosomu. Cilvēkiem parasti ir 46 hromosomas, no kurām puse ir pārējās 23 dublikāti. Zāļu rezistence vēža gadījumā ir lielāka iespējamība, ja audzējs satur šūnas ar mazāk vai vairāk par 46 hromosomām.
Lai veiktu terapeitisko darbību, šūnā var būt jāiekļūst pretvēža zālēm. Šūnas ārējās strukturālās sastāvdaļas var mainīt, izmantojot ģenētisku mutāciju. Šīs sastāvdaļas var mainīt vai samazināt narkotiku mērķu skaitu.
Estrogēna receptoru gadījumā krūts vai olnīcu vēža gadījumā mērķa komponents var tikt zaudēts pavisam. Šādos gadījumos zāles nevar iekļūt caur membrānu pietiekamā daudzumā vai vispār. Audzēja šūnas var arī izsūtīt zāles atpakaļ no šūnas pēc tam, kad tās ir nonākušas iekšā. Vēža šūnai var būt arī palielināta spēja noārdīt zāles, kad tās ir nonākušas iekšā.
Citas zāles var darboties, saistoties ar noteiktu molekulu un bloķējot tās darbību. Ja mērķa gēns ir mutēts, molekulas izskats var mainīties pietiekami, lai izvairītos no zāļu atklāšanas. Šūna var arī radīt palielinātu mērķa molekulas koncentrāciju, ļaujot dažām izkļūt no narkotikām. Tas var notikt, ja šūnas genomā ir vairāk attiecīgā gēna kopiju nekā parasti vai ja šūna var stimulēt gēnu ražot daudz vairāk molekulu nekā parasti.