Zāļu metabolismu, kas ir farmaceitisko līdzekļu bioķīmiskā translācija cilvēka iekšējo orgānu sistēmās, var kavēt vai paātrināt vairāki faktori. Modificēts zāļu metabolisms var izraisīt intoksikāciju, kas ir ķīmiskā savienojuma pārspīlēta aktivizēšana, vai detoksikāciju, kas ir pārmērīga dezaktivācija. Šos procesus var izraisīt tādi faktori kā uzsūkšanās un biopieejamība, patoģenēze un noteiktu enzīmu ceļu kavēšana. Lielākā daļa zāļu metabolisma notiek aknās – citas mazāk aktīvas vietas ir kuņģa-zarnu traktā (GI), plaušās un nierēs. Šī iemesla dēļ pētījumi, kas veikti par faktoriem, kas, kā zināms, traucē zāļu metabolismu, īpaši koncentrējas uz šīm sistēmām.
Aktīvo zāļu savienojumu uzsūkšanās un sekojošā biopieejamība bieži vien ir pirmais traucējums, kas tiek ņemts vērā, pētot zāļu metabolismu. Absorbcija un biopieejamība nosaka, cik ātri un kādā līmenī zāles sasniedz mērķa orgānu. Šajā sakarā šie procesi lielā mērā ietekmē zāļu metabolisma ātrumu. Nepareizu uzsūkšanos var izraisīt slimības vai GI trakta darbības traucējumi; tas var atšķirties arī atkarībā no zāļu farmakoloģiskās ievadīšanas metodes. Piemēram, ievadīšanas metodes, kurās zāles jāievada caur kuņģi, var ietekmēt konkrētais pacienta uzsūkšanās ātrums. Pacientiem, kuriem kuņģa skābums ir zemāks par normālu pH, var būt problēmas ar daudzu zāļu savienojumu uzsūkšanos.
Pārtika un citas zāles dažkārt var ietekmēt arī uzsūkšanās ātrumu. Piemēram, pārtikai ar augstu šķiedrvielu saturu ir tendence saistīties ar daudziem savienojumiem, neļaujot tiem uzsūkties normālā ātrumā. Bezrecepšu caurejas līdzekļi un diurētiskie līdzekļi var ietekmēt to, cik daudz aktīvās zāles paliek sistēmā, nosakot to efektivitāti pēc metabolizācijas. Fermentatīvos ceļus, kas ir ļoti svarīgi zāļu metabolismam, var kavēt noteikti pārtikas produkti un citi pacientam izrakstītie medikamenti. Šādos gadījumos pārtikai raksturīgās ķīmiskās vielas, piemēram, greipfrūts, vielmaiņai izmanto to pašu fermentu, ko izmanto daudzas zāles. Ja vienlaikus lieto gan pārtiku, gan medikamentus, zāļu metabolisms var tikt ievērojami kavēts.
Aknās zāļu sākotnējā metabolismā ir norādīts organelles, kas pazīstams kā raupjais endoplazmatiskais tīkls. Kad zāles nonāk šajā sistēmā, notiek zāļu metabolisma sākuma posmi. Šo fāzi sauc par zāļu pirmo caurlaidi, kas attiecas uz tās pirmo izeju caur galvenā metabolisma orgānu, aknām. Jebkurš mehānisks darbības traucējums vai slimība aknās var ietekmēt zāļu metabolismu pirmajā piegājienā.