Ir trīs veidi, kā pupiņas pirms vārīšanas izmērcēt, neatkarīgi no tā, vai ļaut tām vēlāk pareizi pagatavot, noņemt nevēlamās vielas un netīrumus no to virsmas, vai abi. Klasiskākā metode, ko izmanto pupiņu mērcēšanai, ir vienkārši ievietot pupiņas bļodā vai pannā, kas izgatavota no nereaģējoša materiāla, un ieliet aukstā ūdenī, ļaujot tām mērcēt vairākas stundas vai nakti, līdz tās kļūst mīkstas. Pārējās divas pupiņu mērcēšanas metodes ietver pupiņu īsu vārīšanu verdošā ūdenī un pēc tam ļaujot tām mērcēt siltā ūdenī stundu vai ilgāk. Ir zināms, ka abas metodes darbojas labi, lai gan pupiņu vecums un veids var krasi ietekmēt tām nepieciešamo mērcēšanas un gatavošanas laiku. Ir svarīgi pupiņas pēc izmērcēšanas rūpīgi nomazgāt un pagatavot svaigā ūdens katlā, jo mērcēšanas ūdens būs pilns ar tādu vielu daļiņām, kuras nevajadzētu ēst un var ietekmēt gatavo pupiņu garšu.
Vienkāršākais, bet laikietilpīgākais veids, kā mērcēt pupiņas, ir pārklāt tās ar aukstu ūdeni un ļaut tām nostāvēties tik ilgi, cik nepieciešams, lai tās kļūtu mīkstas. Šī metode darbojas labi, un tās priekšrocība ir tā, ka tiek pilnībā noņemti savienojumi, piemēram, fitīnskābe, kas var novērst minerālvielu uzsūkšanos, un oligosaharīdi, kas ir cukuri, kas netiek pareizi sagremoti un var izraisīt gāzes. Lēnā mērcēšana arī dod pupiņām iespēju pakāpeniski uzsūkt šķidrumu, novēršot jebkādu iespēju, ka mizas sadalīsies vai pupiņas uzsprāgst. Turklāt jebkāda veida netīrumi vai citi atlikumi, kas paliek uz virsmas apstrādes laikā, tiks noņemti un nonākuši ūdenī. Dažos gadījumos ir svarīgi nepieļaut, ka pupiņas pārāk ilgi mērcējas siltā ūdenī, kad gaiss ir ļoti silts, jo pastāv neliela iespēja, ka pupiņas var sākt rūgt vai dīgt.
Ātrāka metode, ko var izmantot pupiņu mērcēšanai, ir pupiņu ievietošana katlā un pārklāšana aukstā ūdenī. Pēc tam pannu karsē, līdz ūdens vārās, un ļauj pupiņām dažas minūtes pagatavot. Pēc uzvārīšanās pannu noņem no uguns un ļauj pupiņām dažas stundas ievilkties. Šādā veidā pagatavotās pupiņas nav jāmērcē pa nakti, taču tām var būt stingrāka tekstūra, kad tās tiek pagatavotas. Līdzīga metode ietver to pašu procesu, bet vienkārša katla vietā izmanto spiediena katlu, un pirms pupiņu noņemšanas spiedienam ļauj dabiski samazināties, tādējādi samazinot laiku, kas pupiņām nepieciešams mērcēties.
Neatkarīgi no tā, kāda metode tiek izmantota pupiņu mērcēšanai, izmantotais ūdens pēc mērcēšanas ir jāizmet. Visi materiāli, kas atrodas pupiņās un uz tām, atradīsies ūdenī un var ietekmēt garšu. Pupiņas arī pēc mērcēšanas ir jānomazgā, lai noņemtu visus materiālus, ko ūdens varētu būt atstājis uz to virsmas. Kad pienācis laiks pagatavot pupiņas, gatavošanas pannā jāizmanto svaigs auksts ūdens.