Kādas ir dažādas proteīna koncentrācijas noteikšanas metodes?

Ir simtiem dažādu olbaltumvielu koncentrācijas noteikšanas metožu. Neticamā proteīna šķīdumu veidu daudzveidība, ko bioķīmiķi analizē, ir iemesls, kāpēc nav vienas universālas metodes, kas derētu jebkura veida proteīnu šķīdumiem. Visizplatītākie proteīnu testi ir Bredforda tests, Lowry tests un bicinhonīnskābes tests. Tomēr pēc vajadzības ir izstrādātas neskaitāmas variācijas, lai novērstu jebkādas iespējamās ķīmiskās nesaderības starp proteīna šķīdumu un testā izmantotajiem reaģentiem.

Vispārīgi runājot, olbaltumvielu koncentrācijas noteikšanai ir divas galvenās testu kategorijas. Pirmajā metožu grupā proteīna šķīdumam pievieno krāsainu vai fluorescējošu krāsvielu, un tā specifiski saistās ar olbaltumvielām. Saistītajai krāsvielai ir unikāls absorbcijas viļņa garums, kas ir proporcionāls proteīna daudzumam. Izmantojot spektrometru, kļūst iespējams novērtēt olbaltumvielu koncentrāciju.

Otrā testu grupa ietver vara (II) jonu pievienošanu proteīna šķīdumam, kur šie joni tiek reducēti par vara (I) joniem. Šie reducētie joni pēc tam spēj veidot krāsainus kompleksus, saistoties ar olbaltumvielām. Izmērot absorbcijas to unikālajos viļņu garumos, var secināt arī olbaltumvielu koncentrāciju.

Viena no populārākajām olbaltumvielu koncentrācijas noteikšanas metodēm ir Bredfordas tests. Šajā testā proteīna šķīdumam skābos apstākļos pievieno sarkanu krāsvielu, ko sauc par Coomassie brilliant blue. Tā kā šī krāsviela saistās ar olbaltumvielām, tā veido pastāvīgu zilu kompleksu ar raksturīgu absorbciju pie 595 nanometriem.

Neskatoties uz Bredfordas testa vispārējo daudzpusību, tas nav saderīgs ar dažiem olbaltumvielu šķīdumiem. Jo īpaši Bredforda testu izjauc nātrija dodecilsulfāta (SDS) klātbūtne, kas ir mazgāšanas līdzeklis, ko parasti izmanto proteīnu attīrīšanai un šūnu sadalīšanai ar līzi. Šis mazgāšanas līdzeklis traucē krāsvielas saistīšanos ar olbaltumvielām, kā rezultātā tiek iegūts neuzticams un neprecīzs absorbcijas rādījums. Ja ir SDS, jāizmanto cita veida metodes.

Ir izstrādāta vēl viena olbaltumvielu analīžu sērija, un tās visas ietver Biuret testa variācijas. Šajā reakcijā proteīns tiek apvienots ar ūdens bāzi un vara (II) joniem. Šos jonus samazina un pēc tam helātus veido olbaltumvielas, veidojot krāsainus kompleksus. Divas pārbaudes, kurās izmanto šo testu, ir Lowry tests un bicinhonīnskābes tests.
Izmantojot Lowry testu, Biuret testam pievieno Folin-Ciocalteu reaģentu. Folin-Ciocalteu reaģents oksidē aromātiskos atlikumus, īpaši triptofānu, un palīdz kompleksam spēcīgi uzsūkties pie 750 nanometriem. No otras puses, bicinhonīnskābes tests ietver bicinhonīnskābes pievienošanu Biuret testam. Pēc īsas inkubācijas aptuveni 104 ° Fārenheita (40 ° C) temperatūrā divi ekvivalenti skābes un proteīna peptīdu saites veido vienu vara (I) jonu. Rezultāts ir komplekss, kas spēcīgi absorbē 562 nanometrus.

Izvēloties metodi proteīna koncentrācijas noteikšanai, ir svarīgi ņemt vērā dažādās ķīmiskās funkcionālās grupas, kas atrodas šķīdumā. Dažu aminoskābju sānu ķēžu, disulfīdu saišu un kofaktoru klātbūtne var padarīt proteīna koncentrācijas noteikšanu ļoti neprecīzu. Bieži vien ir jāņem vērā ne tikai olbaltumvielas, bet arī citi reaģenti un buferi, piemēram, reducējošie līdzekļi un mazgāšanas līdzekļi. Ideāla metode būs ķīmiski saderīga, kā arī uzticama, lēta un vienkārši uzstādāma.