Neatkarīgi no tā, kā tiek izrunāts nosaukums, tomātam var būt dažādas šķirnes ar plašu izmēru un krāsu diapazonu. Tomātu audzēšanas sākumā tomāti bija dzeltenā un oranžā krāsā, un sarkanā krāsa kļuva arvien izplatītāka daudzu gadu audzēšanas laikā. Ir simtiem dažādu veidu tomātu krāsainās šķirnēs, tostarp sarkanā, oranžā, dzeltenā, baltā, zaļā, purpursarkanā un melnā krāsā. Dažiem tomātiem, piemēram, Heirloom un Cherry, ir arī dažādas šķirnes.
Daudzi cilvēki par vispopulārākajām uzskata sarkano tomātu šķirnes, tostarp liellopu steiku un romu tomātus. Kad daudzi cilvēki domā par tomātu garšu, viņi to saista ar šīs šķirnes garšu. Rozā šķirnēm ir līdzīga garša kā sarkanajām, taču daži uzskata, ka tās ir mazāk dinamiskas. Daži rozā veidi ir Pink Girl un Brandywine.
Apelsīnu tomātu šķirnēs ietilpst hurma un kalnu zelts. Šis tips parasti ir saldāks par sarkanajiem tomātiem un parasti garšo vairāk kā augļi, jo ir augstāks cukura saturs. Dzeltenās šķirnes ir līdzīgas oranžajām šķirnēm un parasti ir mazāk pikantas nekā sarkanie tomāti. Šajā tomātu šķirnē ietilpst Golden Boy un Garden Peach. Zaļo tomātu šķirnes nogatavojas zaļas, un tām parasti ir zemākas skābuma vērtības nekā sarkanajiem tomātiem.
Dažas retas šķirnes ir baltie tomāti, kuriem parasti ir viszemākais skābuma saturs no visiem tomātiem, un daži cilvēki tos uzskata par mīlīgiem. Tajos ietilpst Ghost Cherry un Snow White. Violetajām un melnajām tomātu šķirnēm parasti ir spēcīgāka un dūmakaina garša nekā sarkanajiem tomātiem, un tajās ietilpst Cherokee Purple un Black Krim.
Lielākajā daļā krāsaino šķirņu ir arī atšķirības starp atklāti apputeksnētiem vai hibrīdiem tomātu augiem, kā arī determinantiem vai nenoteiktiem augšanas modeļiem. Atklātās apputeksnētās šķirnes katru gadu saglabā mātesauga īpašības. Paņemot ziedputekšņus no viena apputeksnēta tomāta un ievietojot to citā, jau apputeksnētā tomātā, parasti tiek izveidota hibrīda tomātu šķirne.
Noteicošajām tomātu šķirnēm parasti ir kompakti krūmi vai augi, un tie parasti pārtrauc augt, kad augļi nogatavojas. Viņu tomātiem ir tendence nogatavoties aptuveni tajā pašā laika posmā, parasti divu nedēļu laikā, un pēc tam tie mirst. Daži cilvēki nenoteiktās šķirnes sauc par vīnogulāju tomātiem. Ir zināms, ka tie turpina augt un ražot augļus, līdz sals tos nogalina, un augļi visu laiku zied sezonas laikā.
Plānojot audzēt tomātus sakņu dārzā, daudzi cilvēki pēta, kāda veida šķirne vislabāk aug viņu reģionā. Viņi stāda vairāku veidu tomātus vienā dārzā, lai redzētu, kuri veidi aug un garšo labāk. Ir daudz šķirņu, no kurām izvēlēties, un daudzas vietas, kur iegādāties sēklas, tostarp daudzus tiešsaistes resursus.