Lai gan ir daudz iespējamo negatīvo aspektu un daudzi cilvēki nezina, vai šī prakse ir morāli pareiza, klonēšanai ir daudz priekšrocību. Dažus klonēšanas veidus var izmantot, lai radītu pārtikas avotus ar augstāku uzturvērtību, savukārt citus var izmantot, lai radītu medikamentu vai ārstēšanas veidus. Viena no pazīstamākajām klonēšanas priekšrocībām ir orgānu transplantācija, kas potenciāli varētu glābt negadījumos cietušo un orgānu ziedošanas gaidu dzīvības.
Klonēšanas medicīniskie ieguvumi var sākties ar faktisko ķermeņa barošanu. Klonētas govis un vistas var ne tikai ražot vairāk olu un piena, bet arī zinātnieki var ģenētiski mainīt šo pārtikas produktu uzturvērtību. Zīdaiņi, kas nespēj barot bērnu ar krūti, var gūt labumu arī no noteiktiem dzīvnieku klonēšanas veidiem. Piemēram, govs, kuras ģenētiskais kods tiek manipulēts, var ražot pienu, kas satur proteīnus, kas ir līdzīgi tiem, kas atrodami cilvēka mātes pienā.
Auglība ir vēl viena no iespējamām klonēšanas priekšrocībām. Tiem, kas ir sterili, šis risinājums var sniegt cerību gadījumos, kad citas iespējas ir bijušas neveiksmīgas. Viens no visizplatītākajiem reproduktīvās klonēšanas procesiem sākas ar viena vecāka ģenētiskā materiāla ievadīšanu olšūnā. Kad tas ir izdarīts, olšūnu stimulē elektrība vai ķīmiskas vielas, pēc tam ievieto dzemdē. Lai gan šis process zināmā mērā ir paveikts ar dzīvniekiem, ir nepieciešami turpmāki pētījumi, lai noskaidrotu, vai tas darbosies arī cilvēkiem.
Papildus uzturam un auglībai klonēšanas priekšrocības sniedzas arī daudzu medicīnisku problēmu ārstēšanā un, iespējams, izārstēšanā. Orgānu transplantācija ir vispazīstamākais medicīniskais klonēšanas pielietojums. Dažreiz transplantētie orgāni tiek iegūti no dzīvniekiem, kurus cilvēki regulāri atgrūž. Tomēr klonētie dzīvnieki var saturēt cilvēka gēnus, kas var padarīt atgrūšanu mazāk izplatītu. Klonēšana var būt noderīga arī kaulu, skrimšļu un ādas aizstāšanai apdegumu un negadījumu upuriem.
Citas klonēšanas medicīniskās priekšrocības ir uzlabotas medicīnas radīšana. Šīs zāles var lietot sirds un kaulu smadzeņu ārstēšanai, diabēta un reimatoīdā artrīta kontrolei un, iespējams, pat nieru slimību un Parkinsona slimības ārstēšanai. Turklāt klonēšana var arī izārstēt noteiktus vēža veidus, aizstājot mutācijas gēnus ar veseliem, normāliem. Šis process bieži sastāv no imūno šūnu paņemšanas no paša pacienta ķermeņa, to dublēšanas un pēc tam ievietošanas atpakaļ sistēmā.