Galvenās linu blakusparādības ir meteorisms un kuņģa darbības traucējumi. Pārbaudot uz dzīvniekiem, linsēklas var radīt dažādas citas blakusparādības, lai gan šīs sekas vēl nav novērotas cilvēkiem. Lietojot jebkāda veida linus, tostarp linsēklas, eļļu un miltus, vislabāk ir lietot šīs vielas mērenībā.
Liela daudzuma neapstrādātu linsēklu, desmit ēdamkarotes (148 ml) vai vairāk uzņemšana var izraisīt saindēšanos. Tā kā lini satur cinogēnus glikozīdus, patērējot vairāk par ieteicamo linu daudzumu, var būt toksiska ietekme. Daži uztura speciālisti arī uzskata, ka liela daudzuma linu patēriņš jebkurā formā var izraisīt hormonālo nelīdzsvarotību.
Pētījumi ar dzīvniekiem ir parādījuši, ka liels linu daudzums var traucēt hormonu darbību. Šie pētījumi ir radījuši zināmas bažas, lai gan zinātnieki neuzskata, ka cilvēkus graudi ietekmē tāpat kā dzīvniekus. Līdz šim nekāda saistība starp linu un iedzimtajiem defektiem nav pierādīta.
Neskaitot kuņģa darbības traucējumus, gandrīz visas linu blakusparādības rodas, ja tie tiek patērēti lielos daudzumos. Regulāra linu lietošana var izraisīt caureju un vaļīgus izkārnījumus. Lai gan lielākā daļa uztura speciālistu norāda uz linu labvēlīgajām īpašībām, ir saprātīgi konsultēties ar ārstu, pirms sākat diētu, kas ietver jebkāda veida linus.
Svarīgi ir arī lietot svaigus linus. Linu milti var sasmakt, ja tos ilgstoši atstāj veikala plauktā. Tādējādi daudzi cilvēki iegādājas veselas linu sēklas un pēc tam tās sasmalcina, lai izveidotu linu miltus. Ja ir lietota sasmakusi maltīte, blakusparādības var būt vemšana un slikta dūša. Tā kā linu ietekme uz grūtniecēm lielākoties nav zināma, daudzi veselības eksperti iesaka grūtniecēm izvairīties no linu lietošanas vai lietot tos piesardzīgi.
Lielākā daļa veselības ekspertu piekrīt, ka liniem ir daudz uztura priekšrocību, tostarp liels daudzums šķiedrvielu, ko nevajadzētu ignorēt. Jebkuras linu blakusparādības, ko izjūt vidusmēra cilvēks, parasti ir minimālas. Lietojot linus pirmo reizi, cilvēks var justies nedaudz uzpūsts un gāzēts, lai gan tā ir normāla reakcija uz liniem.
Linus var pievienot dažādiem ēdieniem vai patērēt veselus. Turklāt linsēklas bieži tiek dotas mājlopiem kā barība. Ja rodas kādas neparastas linu blakusparādības, vislabāk ir pārtraukt produkta lietošanu un nekavējoties konsultēties ar ārstu.