Tāpat kā ar jebkuru pārtiku, kas būtībā ir tīri tauki, ar margarīnu joprojām ir saistītas veselības problēmas, īpaši, ja to ēd lielos daudzumos. Viena no lielākajām iespējamām problēmām ir paaugstināts sirds slimību risks. Daudzi veidi satur augstu piesātināto tauku un bīstamo transtauku līmeni, kas, kā zināms, pazemina labvēlīgā augsta blīvuma lipoproteīnu (ABL) holesterīna līmeni un paaugstina kaitīgā tipa, kas pazīstams kā zema blīvuma lipoproteīns (ZBL), līmeni.
Kad sviests kļuva saistīts ar veselības apdraudējumiem, piemēram, sirds slimībām, jo tajā ir augsts piesātināto tauku un holesterīna līmenis, daudzi cilvēki meklēja alternatīvu. Bieži cilvēki pāriet uz margarīnu, kurā bieži nav holesterīna un vismaz zemāks piesātināto tauku līmenis nekā sviestam un bieži mazāk kaloriju. Iemesls tam, ka nav holesterīna, ir tāpēc, ka margarīnu gatavo no cietinātiem augu taukiem, nevis no dzīvnieku izcelsmes avotiem. Laikam ejot, veselības aprūpes speciālisti sāka pievērst uzmanību tādiem veselības jautājumiem kā paaugstināts sirds slimību attīstības risks personām, kuras lietoja arī margarīnu.
Pētnieki ir atklājuši, ka ar margarīnu saistīto sirds slimību risks ir saistīts ar transtaukskābju klātbūtni, ko sauc arī par transtaukskābēm. Šīs vielas veidojas augu eļļas sacietēšanas procesā un ir saistītas ar vairākām veselības problēmām. Cietajos stienīšos ir daudz augstāks transtaukskābju līmenis nekā mīkstākiem pastas izstrādājumiem. Ir pierādīts, ka transtauki nelabvēlīgi ietekmē holesterīna līmeni, kas ir galvenais sirds slimību indikators, lai gan margarīns patiesībā nesatur holesterīnu. Transtaukskābes samazina labā ABL holesterīna līmeni un palielina kaitīgā ZBL holesterīna daudzumu organismā.
Vēl viens faktors, kas veicina sirds slimību risku, kas saistīts ar margarīnu, ir piesātināto tauku daudzums, kas atrodams daudzos zīmolos. Lai gan piesātināto tauku ir mazāk nekā sviestā, dažos margarīna produktos var būt augsts līmenis. Šo kaitīgo vielu daudzums var ievērojami atšķirties atkarībā no ražotāja. Parasti patērētājiem ir ieteicams meklēt produktus ar zemu piesātināto tauku saturu un atcerēties tos lietot ar mēru.
Daudzi ražotāji no saviem produktiem ir izņēmuši pēc iespējas vairāk transtaukskābju, un daudzi margarīna veidi tagad tiek ražoti arī ar nepiesātinātajiem taukiem, piemēram, olīvu vai rapšu eļļu. Produkti ar samazinātu piesātināto tauku saturu un bez transtaukskābēm ir mazāk kaitīgi nekā citi, taču tos vajadzētu lietot tikai ar mēru. Patērējot lielu daudzumu jebkura trekna pārtikas, visticamāk, palielinās sirds slimību attīstības iespēja, taču, ierobežojot patēriņu līdz nelielam nepiesātināto tauku daudzumam, šis risks tiek samazināts.