Brūnās sinepes ir izmantotas gadsimtiem ilgi kā zāles, lai ārstētu slimības, sākot no vienkāršām zobu sāpēm līdz smagiem krampjiem maziem bērniem. Norādes uz sinepēm kā zālēm parasti nozīmē brūnās sinepes. Šādas zāles parasti ekstrahē no lapām un sēklām. Senatnē grieķi sinepju ārstnieciskās īpašības novērtēja tik augstu, ka uzskatīja to par dāvanu cilvēcei, ko radīja dziedināšanas dievs Asciepious.
Visbiežāk sinepes kā zāles lieto ārēji kā linimentu, kompresi vai apmetumu. Sinepju eļļa, viegli kairinot ādu, stimulē asinsriti, kas mazina muskuļu sāpes. Sinepju sautējošas kompreses ir saistītas ar dažu bronhīta un pleirīta gadījumu atvieglošanu.
Lietojot iekšēji nelielos daudzumos, sinepju sastāvdaļas var izmantot kā caurejas līdzekli vai gremošanas uzlabošanai. Turklāt, lietojot vieglās devās, ekstrakti mēdz nedaudz iekaist kuņģī, izraisot svīšanu. Svīšana dažreiz ir noderīga drudža, saaukstēšanās un gripas ārstēšanā. Sēklas, uzņemtas lielos daudzumos, var izraisīt vemšanu. Tējkaroti sēklu izdzeršana glāzē ūdens parasti izraisa vemšanu 10 minūšu laikā. Tādēļ šo ārstēšanu dažkārt izmanto neatliekamai alkohola vai narkotiku pārdozēšanas ārstēšanai.
Indijā sinepes gatavo tējā, lai mazinātu muskuļu un skeleta sāpes un ārstētu drudzi un saaukstēšanos. Ķīnieši turpina lietot ārstnieciskās sinepes, lai ārstētu čūlas, abscesus un sāpes, ko izraisa reimatisms un lumbago. Viņi uzskata, ka lapas ir īpaši noderīgas urīnpūšļa iekaisuma ārstēšanai.
Sinepju papildu izmantošana medicīnā ietver čūsku kodumu un skorpiona dzēlienu izraisītas indes apkarošanu, sāpju mazināšanu no sasitumiem vai stīva kakla, kā arī kolikas un elpošanas problēmu mazināšanu. Tiek uzskatīts, ka sinepju sēklu sēklu eļļa veicina matu augšanu. Tas ir minēts arī kā līdzeklis, kas palīdz izārstēt ēdes.
Brūnas sinepes dažreiz izmanto arī kā uztura bagātinātāju, lai palielinātu dzelzs, cinka, hroma un selēna līmeni organismā. Tās eļļu bieži izmanto masāžas terapijā. Ne visi brūno sinepju lietošanas veidi ir izdevīgi. Brūnās sinepes satur ļoti smaržīgu un kairinošu ķīmisku vielu – alilizotiocianātu. Šis savienojums tika izmantots sinepju gāzes ražošanai kā ķīmiskais ierocis kara laikā.
Brūno sinepju sēklas un lapas satur vairākas sarežģītas ķīmiskas vielas. Tie ietver fermentus, glikozinātus, sēru, olbaltumvielas un gļotas. Šo ķīmisko vielu iedarbības dēļ daži ķirurgi agrāk izmantoja brūno sinepju pastu, lai dezinficētu rokas pirms operācijas pacientiem.