Svaigpiena sieru gatavo no piena, kas nav pasterizēts, un daži medicīnas speciālisti uzskata, ka tas rada risku veselībai, kas nav saistīts ar pasterizētiem sieriem. Ir daudz diskusiju par svaigpiena sieru un tā relatīvajām briesmām, lai gan vispārēja vienprātība ir tāda, ka grūtniecēm un cilvēkiem ar imūndeficītu no tā jāizvairās. Tiek uzskatīts, ka šis siers ir bīstams, jo tas rada lielāku bakteriālas infekcijas risku nekā pasterizēts piena sieri, īpaši, ja ar to rīkojas slikti.
Kad pienu pasterizē, to uzkarsē līdz augstai temperatūrai un tur noteiktu laiku, lai iznīcinātu kaitīgās baktērijas, piemēram, Listeria, E. Coli, kampilobaktēriju, salmonellu un citas. Pasterizēts piens nav tehniski sterils; tas vienkārši rada mazāku iespējamo baktēriju risku nekā svaigpiens. Visi svaigie un mitruma bagātie sieri Amerikas Savienotajās Valstīs tiek ražoti ar pasterizētu pienu, jo pastāv bažas par infekciju. Tomēr pasterizēts piens joprojām var tikt piesārņots, un tāpat kā jebkurš pārtikas produkts ar to ir rūpīgi jārīkojas un jāglabā ledusskapī.
Svaigpiena siers, visticamāk, satur kaitīgas baktērijas, jo tās nekad netiek nogalinātas pasterizācijas procesā. Rezultātā, ja piens slaukšanas vai siera gatavošanas procesā tiek piesārņots ar baktērijām, galaproduktā šīs baktērijas atradīsies. Patērētāji pēc tam tiktu pakļauti baktērijām, kas var izraisīt jebko, sākot no vieglas kuņģa darbības traucējumiem līdz pat nāvei. Šī iemesla dēļ daudzas valstis, tostarp ASV, ierobežo svaigpiena siera pārdošanu sabiedrības veselības apsvērumu dēļ.
Svaigpiena sieram ir senas kulinārijas tradīcijas, un daži patērētāji uzskata, ka tas ir pārāks par pasterizēto sieru. Šī iemesla dēļ viņi meklē sierus, kas gatavoti no svaigpiena, un vēlas uzņemties bakteriālas infekcijas risku, tiecoties pēc kulinārijas baudas. Sieram novecojot, tas kļūst skābāks, kas nozīmē, ka vecāks svaigpiena siers ir daudz drošāks ēst. Dažas organizācijas, piemēram, Pārtikas un zāļu pārvalde, uzskata, ka garša nav veselības riska vērta, un nepieļauj svaigpiena piena produktu patēriņu.
Galu galā, svaigpiena un pasterizēta piena siera debates ir par infekciju un piesārņojuma kontroli. Lielus pārtikas izraisītu slimību uzliesmojumus var pārnēsāt pasterizēts piens, kas ir piesārņots ražošanas procesā tikpat viegli kā svaigpiens. Parasti ar pienu un siera produktiem jārīkojas uzmanīgi un jāizmet, ja patērētājam tie izskatās, smaržo vai garšo.
Pasterizācija ir tikai viena daļa no infekciju kontroles, un piena rūpnīcā, kas tiek uzturēta tīra un sterila, vajadzētu ražot veselīgu pienu. Ja govīm tiks atļauts klīst, tās tiek turētas tīras un tiek nodrošināta atbilstoša veterinārā aprūpe, tās arī mazāk pārnēsīs potenciāli kaitīgas baktērijas, kas tiks nodotas patērētājiem. Iegādājoties svaigpiena sieru, ir lieliska ideja doties uz izejvielu, lai pirms siera izstrādājuma iegādes varētu personīgi pārbaudīt tīrības apstākļus. Jebkurš cienījams piena uzņēmums ar prieku iepazīstina viesus ar savu iestādi, demonstrējot pasākumus, kas veikti, lai samazinātu ar baktērijām inficēta piena risku.