Peptīda molekulmasa ir skaitlis bez vienībām, ko iegūst no peptīda molekulas vidējās masas attiecības, kas dalīta ar vienu divpadsmito daļu no oglekļa atoma masas 12. Peptīda molekulmasu var raksturot arī kā vienu peptīda molu. gramos, jo mols ir peptīda daudzums, kas ir vienāds ar tā molekulmasu. Tāpēc, tā kā, piemēram, prolīna aminoskābju svars ir 97.12, viens prolīna mols ir vienāds ar 97.12 gramiem vielas.
Ir svarīgi zināt peptīdu molekulmasas skaitļus tādos procesos kā peptīdu sintēze, jo svaru var izmantot, lai noteiktu molekulāro komponentu koncentrāciju. Piemēram, ja viena komponenta molekulmasa ir 50, bet otra molekulmasa ir 100, tad otrā savienojuma molekulas sver divreiz vairāk nekā pirmajā savienojumā esošās molekulas. Ja tos abus apvienotu vienādos gramos, mazāka svara savienojumā maisījumā būtu divreiz vairāk molekulu, jo tie svērtu tikai uz pusi mazāk, un koncentrācijas 50/50 vietā būtu aptuveni 66. /33.
Peptīdu molekulmasas skaitļu aprēķināšanai bieži tiek izmantota molekulmasas analizatora programmatūra, jo pretējā gadījumā aprēķini var būt sarežģīti. Aminoskābju sekvencēs, kas veido peptīdus, jāņem vērā ne tikai dažādas ķīmisko elementu molekulmasas, bet ir jāņem vērā arī citi faktori. Tiek izmantotas gan hidrofobās, gan hidrofilās īpašības attiecībā uz ūdeni, kā arī pašu proteīnu molārās absorbcijas koeficienti. Nosakot peptīda tilpumu pēc peptīda molekulmasas, ir jāizmanto arī Avogadro skaitlis, kas norāda, cik molekulu atrodas molā.
Aminoskābes ir peptīdu celtniecības bloki. Tās svārstās no atlikuma molekulmasas, kas ir faktiskais svars mīnus ūdens, no 57.05 mazākajai molekulai, glicīnam, līdz 156.19 lielākajai molekulai, arginīnam. Ja tiek apvienotas divas vai vairākas aminoskābes, jaunās molekulmasas noteikšanai bieži izmanto peptīdu molekulmasas kalkulatoru.
Precīzas peptīda molekulmasas noteikšanai ir svarīgi pielietojumi dažādos pētījumos. Pierādījumi liecina, piemēram, ka peptīdi ar zemu molekulmasu ir svarīgi regulatori bioloģijā. Hormoni, kas satur šos peptīdus, ir aktīvi ķermeņa reģionos, piemēram, smadzenēs, nervu sistēmā un kuņģa-zarnu traktā.