Pilngraudu šokolādes cepumi parasti tiek gatavoti no pilngraudu kviešu miltiem, nevis rafinētiem baltajiem vai universālajiem miltiem. Dažas pilngraudu šokolādes cepumu receptes var saturēt arī citus graudus, piemēram, auzas. Cepumos var būt arī mazāk cukura nekā standarta šokolādes cepumos. Tāpat kā parastajos šokolādes cepumos, arī pilngraudu cepumos ir sviests un var būt arī olas.
Pavārs var izvēlēties izmantot parastos pilngraudu kviešu miltus, lai pagatavotu pilngraudu šokolādes cepumu partiju. Daži pavāri atklāj, ka baltie pilngraudu milti, kas izgatavoti no dažādām kviešu šķirnēm, dod cepumiem vieglāku garšu un vienmērīgāku tekstūru nekā parastie pilngraudu milti. Vēl viena iespēja ir izmantot pilngraudu konditorejas miltus, kas ir smalkāk samalti. Parastajiem pilngraudu miltiem ir spēcīga garša, kas dažiem var būt nepatīkama.
Papildus pilngraudu miltiem dažos pilngraudu šokolādes cepumu veidos ir arī citi graudu veidi. Pavārs var vēlēties cepumiem pievienot velmētas auzas vai auzas, kas samaltas virtuves kombainā, nevis pilngraudu miltus. Auzas piešķir cepumiem riekstu garšu, kā arī pievieno nedaudz tekstūras.
Daudzas pilngraudu šokolādes cepumu receptes cenšas būt veselīgākas nekā parasto cepumu receptes. Recepte var prasīt mazāk cukura nekā parasti, lai gan tas ne vienmēr tā ir. Parasti šokolādes cepumu receptēs ir nepieciešams gan brūnais, gan baltais granulēts cukurs.
Citas pilngraudu šokolādes cepumu sastāvdaļas ir atrodamas arī parastajos šokolādes cepumos. Sviestam ir liela nozīme cepumu garšošanā un to noturēšanā. Dažās receptēs var būt nepieciešams atdzesēts sviests, kas tiek sagriezts mīklā, savukārt citās ir nepieciešams mīkstināts sviests, kas saputots ar cukuru.
Parasti cepumi satur olas, lai gan dažās receptēs ola ir pilnībā izlaista. Dažās receptēs var būt nepieciešams olu aizstājējs, piemēram, ciete vai linu sēklas. Citi nepiemin olas aizstāšanu. Dažos gadījumos recepte var pieprasīt izmantot veselu olu un olas dzeltenumu.
Pilngraudu šokolādes cepumu izmērs var atšķirties. Daži cepumi ir mazi, savukārt citi izmanto daudz mīklas uz vienu karoti. Pavārs, kurš nevēlas sadalīt mīklu atsevišķos cepumos, var izvēlēties to visu izklāt pannā vai cepamajā traukā un izcept vienu lielu cepumu, ko var sagriezt kā braunijus.