Ir aptuveni 75,000 XNUMX zinātniski identificētu sēņu sugu, un zinātnieki uzskata, ka vēl nav identificētas līdz miljonam sēņu sugu. Tā kā dažādas sugas virspusēji var izskatīties vienādi, to precīza klasificēšana ir sarežģīta, un parasti ir jāizmanto molekulāri rīki, piemēram, DNS sekvencēšana. Tā kā DNS sekvencēšana joprojām ir salīdzinoši dārga, pat sēnēm, kuru genomi ir daudz īsāki nekā zīdītājiem, visticamāk, paies daudzas desmitgades, līdz lielākā daļa tiks droši klasificēta.
Izplatītākie veidi ir pelējuma sēnītes, kas aug virknēs, ko sauc par hifām, sēnes – sēnīšu koloniju augļķermeņi un raugi – jebkuras vienšūnas sēnes nosaukums. Tomēr tie ir plaši termini, un pelējums, raugs un sēnes var atrast vairākās taksonomijas kategorijās. Sēnīšu klasifikācija phyla līmenī ir sarežģīta un tiek pastāvīgi pārveidota. Sēnes vispirms tika nepareizi klasificētas kā augi, bet turpmākajos pētījumos atklājās, ka tām ir vairāk kopīga ar dzīvniekiem. Tāpat kā augi un dzīvnieki, tie ir eikarioti.
Filoģenētiski ir septiņas sēņu dzimtas. Pirmā ir Chytiridiomycota jeb chytrids, primitīvākā forma ar aptuveni 1,000 identificētām sugām. Tie veido sporas ar flagellas (zoosporas) un seko abiniekiem, kukurūzai, lucernai, kartupeļiem un citiem neaizsargātiem organismiem. Tie ir visizplatītākie paleozoja laikmetā dzīvojušie tipi, galvenokārt ūdens.
Blastocladiomycota ir otrā flya, kas tika izveidota tikai 2007. gadā kā atsevišķa kategorija. Tāpat kā hitrīdas, tās vairojoties izmanto zoosporas, un tās ir visu galveno eikariotu grupu parazīts. Trešā fila, Neocallimastigomycota, ir anaerobās sēnes, kas galvenokārt aizņem atgremotāju kuņģus. Viņu nosaukumā ir ietverts grieķu sufikss, kas norāda uz pātagas, -mastiks, kas norāda uz to daudzajiem karogiem. Gan otrā, gan trešā fila sākotnēji tika nepareizi klasificēti kā hitrīdi.
Ceturtā cilts dzimta ir pazīstamākā Zygomycota, kas nosaukta to radīto izturīgo sfērisko sporu dēļ. Ja redzat sēnīti ar sīkiem punktiem hifu (pavedienu) galos, tā ir Zygomycota. Ir vairāk nekā 600 šīs ģints sugu, un tajā ietilpst arī melnās maizes pelējums, kas ir viens no visbiežāk sastopamajiem cilvēkiem. Vēl viens ir Pilobolus, kas spēj izmest sporas vairākus metrus pa gaisu.
Piektā dzimta ir Glomeromycota, kas pazīstama kā Arbuscular mikorizas (AM) sēnes. Būtībā šis termins nozīmē “koku sēnes”. Tos lielā skaitā var atrast vairāk nekā 80% vaskulāro augu ģimeņu saknēs. Šīs attiecības ir simbiotiskas un senas, sniedzoties vismaz 460 miljonus gadu atpakaļ, līdz augu dzīves sākumam uz sauszemes.
Sestā dzimtene ir Ascomycota, kas pazīstama kā maisiņšēnes. Tie veido atšķirīgus sfēriskus maisiņus, kuros notur sporas, un satur lielāko daļu sugu no visiem filiem. Piemēri: Penicillium, morels, trifeles, maizes raugs, ķērpji, miltrasa un daudzi citi. Daudzi no šiem filiem ir augu patogēni.
Septītā fila ir Basidiomycota jeb klubu sēnes. Šajā grupā ir visizplatītākās sēnes. Tas izceļas ar sporas veidojošas struktūras klātbūtni, ko sauc par bazidiju, kas plašāk pazīstama kā vāciņš. Kopā ar Ascomycota tās ir pazīstamas kā augstākās sēnes.