Antibiotiku efektivitāte sepsei ir atkarīga no daudziem faktoriem. Ārstēšana ir visveiksmīgākā veseliem pacientiem, kuri saņem tūlītēju kritisko aprūpi un kuriem neattīstās septiskais šoks. Iekaisums un sekojošais skābekļa trūkums ir galvenie orgānu bojājumu cēloņi sepses laikā, un tie nelabvēlīgi ietekmē antibiotiku ārstēšanas panākumus. Ja infekciju izraisa pret antibiotikām rezistentas baktērijas, komplikāciju iespējamība ir lielāka. Jaundzimušo sepse ir īpaši bīstama, un, lai novērstu nāvi vai smadzeņu bojājumus, ir nepieciešams smalks līdzsvars starp pretmikrobu līdzekļiem un citām ārstēšanas metodēm.
Sepsis rodas, ja sistēmiska bakteriāla infekcija izraisa imūnsistēmas reakciju ar iekaisumu. To ārstē slimnīcas aprūpe, kas ietver šķidruma uzturēšanu, pretmikrobu un pretiekaisuma līdzekļus. Antibiotikas ir ārstēšanas pamats, jo baktēriju izplatīšanās un to toksīnu ietekmes apkarošana ir būtiska pacienta izdzīvošanai. Sepses antibiotiku veiksmīga lietošana ir atkarīga no konkrētā iesaistītā mikroorganisma un pacienta imūnsistēmas stiprības, kā arī no citiem faktoriem. Ja daudzi audi kļūst iekaisuši, var rasties nāve, kad asins recēšana pārtrauc skābekļa piegādi un izraisa vairāku orgānu mazspēju, ko sauc par septisko šoku.
Antibiotiku efektivitāte sepses gadījumā ir visaugstākā, ja pacienti infekcijas laikā tiek ātri ārstēti un viņiem nav bijusi ilgstoša septiskā šoka izraisīta hipotensija. Agrīna ārstēšana samazina pacienta iespēju nonākt šokā imūnās atbildes stiprības dēļ. Tas savukārt samazina orgānu bojājumu risku un dod antibiotikām pietiekami daudz laika, lai iznīcinātu vai pazeminātu baktēriju asins skaitu. Slimnīcu kritiskās aprūpes vispārējā kvalitāte ir svarīga, lai samazinātu iekaisuma vai baktēriju izdalīto toksīnu ietekmi un ietekmē ārstēšanas efektivitāti. Pacientiem, kuriem ir bijusi sirds vārstuļa operācija, ir augsts komplikāciju risks, ja viņi kļūst septiski.
Slimnīcā iegūtas infekcijas izraisa baktērijas, kas kļuvušas rezistentas pret daudzām parasti izrakstītajām antibiotikām. Pat ar agrīnu un atbilstošu zāļu izvēli sepsei no rezistentiem baktēriju celmiem ir augstāks mirstības līmenis. Piemēram, Staphylococcus aureus ir izturīgs pret penicilīnu un līdzīgām zāļu grupām. Dažreiz cefalosporīna antibiotikas diezgan veiksmīgi ārstē slimnīcā iegūto sepsi, taču daži mikroorganismi ir kļuvuši rezistenti pat pret tiem. Aminoglikozīdi efektīvi samazina pacientu nāvi no rezistentiem baktēriju celmiem, taču šīs zāles dažkārt izraisa nieru bojājumus.
Jaundzimušo sepses ārstēšana ar antibiotikām ir diezgan sarežģīta. Jaundzimušo sepses mirstības līmenis neārstētos gadījumos sasniedz pat 50%, dažkārt tas ir saistīts ar smadzeņu iekaisumu, kas ir bakteriāla meningīta sekas. Intravenoza antibiotiku lietošana jaundzimušo sepsei ir diezgan efektīva, ja tā notiek agri. Antibiotiku izvēle šāda veida sepsei atšķiras atkarībā no baktēriju veida, mātes vēstures un infekcijas biežuma konkrētajā intensīvās terapijas nodaļā, kurā tiek ārstēts zīdainis.