Aveņu augus var ietekmēt dažādas slimības, tostarp dažāda veida puvi, cukurniedru botrīts, antracnoze, lapu čokurošanās, mozaīkas slimība un vēnu hloroze. Dažas no šīm aveņu slimībām izraisa invazīva sēne, bet citas ir vīrusu rakstura. Speciālisti iesaka iegādāties augus, kas ir sertificēti kā brīvi no vīrusiem, jo aveņu augs ir īpaši uzņēmīgs pret vīrusu slimībām.
Daudzas aveņu slimības rodas no sēnītes klātbūtnes, kas negatīvi ietekmē noteiktas auga vietas. Niedru iedegas gadījumā sēne iekļūst brūces vietā zarā, ko varētu būt izraisījuši kukaiņu bojājumi, atzarošana vai savainojumi pārstādīšanas laikā. Šo slimību visbiežāk novēro melnās avenes. Niedru botrīts ietekmē auga vecākās lapas ar brūniem plankumiem vai pelēcīgām svītrām. Progresīvākās stadijās augam veidosies tumšas tulznām līdzīgas čūlas. Antracnoze izraisa purpursarkanus vai sarkanus plankumus uz aveņu auga lapām, zariem, kātiem vai augļiem.
Spures pūtīte, kas ietekmē aveņu auga zarus un lapas, parasti sākas kā infekcija lapu malās, kas izplatās uz iekšu. Šis stāvoklis biežāk sastopams sarkanajām avenēm un var novērst pumpuru ziedēšanu. Sēnītei ir divējāds iemesls, jo slimību izraisošajai sēnei ir atļauts iekļūt augā caur bojātiem audiem, ko izraisa kāpuri. Tā ir viena no aveņu slimībām, kas var izraisīt auga struktūras bojājumus. Par lapu plankumainību liecina melnzaļi plankumi vai caurumi auga lapās, ko var mazināt ar atbilstošu apgriešanu vai fungicīda lietošanu.
Dažas aveņu slimības izraisa vīruss. Lapu čokurošanās izpaužas kā aveņu auga zaru un lapu savīšana un balināšana, un visi iegūtie augļi ir ļoti sēklaini un sausi. Šis stāvoklis bieži rodas infekcijas dēļ ar savvaļas aveņu plankumiem. Mozaīkas slimība ir viena no daudzām aveņu slimībām, kas ietekmē gan augļus, gan lapas, kā arī samazina auga kopējo izmēru. Vēnu hloroze noved pie aveņu lapas izgaismošanas un deformācijas, kā arī vispārējas auga saīsināšanas.
Lai izvairītos no sēnīšu izcelsmes aveņu slimībām vai to kontrolētu, eksperti iesaka uzturēt augus ar lielu gaisa cirkulāciju, veicot atbilstošu ravēšanu un atzarošanu. Augiem, kurus laista, izmantojot apūdeņošanas sistēmu, izvairīšanās no ilgstoša pārmērīga mitruma var palīdzēt samazināt sēnīšu invāziju. Fungicīdi var palīdzēt pārvaldīt sēnīšu slimības, kad tās ir parādījušās. Tādu stāvokli kā sēnīte ir efektīvāk novērst ar insekticīdu.