Dabiskais ir termins, ko parasti nosaka katra valsts vai reģions atsevišķi. Lielākoties organiskā kafija apzīmē kafijas pupiņas, kas audzētas, kā noteikts likumā, neizmantojot ķīmiskos mēslojumus vai pesticīdus. Šajā definīcijā var būt atšķirības. Tomēr, tā kā daudzi kafijas audzētāji izmanto šos produktus lielā piedāvājumā, daudzi cilvēki dod priekšroku organiskās kafijas atrašanai.
Viens no iemesliem, kāpēc organiskā kafija tiek uzskatīta ar tādu labvēlību, ir kafijas pagatavošanas veidi. Neatkarīgi no tā, vai ar franču presi vai automātisko pilinātāju, ūdens ātri vai lēni pārklāj kafijas biezumus, un tas ir tas pats ūdens, kas kļūs par kafiju un ko cilvēki dzers. Doma, ka pupiņas varētu būt pakļautas lielam skaitam pesticīdu vai citu ķīmisku vielu, veicina domu, ka cilvēks tikai plūst vai šļakst ūdeni caur pesticīdiem bagātu produktu, lai radītu dzērienu. Dažiem cilvēkiem šķiet, ka šajā gaismā ideja par kafiju vienkārši nav tik apetīti rosinoša.
Protams, bioloģiskās kafijas iegāde var būt greznība. Pirmkārt, ķīmiskā mēslošanas līdzekļu neizmantošana var izraisīt mazāku pupiņu ražu katrā kultūrā. Tāpat pesticīdu lietošanas trūkums var nozīmēt to, ka pārdodamo pupiņu skaits var būt mazāks. Abi šie faktori mēdz veicināt augstāku kafijas cenu. Cena par mārciņu var atšķirties gala pārdošanas laikā, taču nav nekas neparasts, ka par mārciņu jāmaksā no 15 līdz 20 ASV dolāriem (USD).
Vēl viens iemesls zemākai bioloģiskās kafijas ražībai, kas var ietekmēt cenu, ir tas, ka daudzas valstis uzstāj, ka bioloģiskajā ražošanā jāizslēdz jebkādu ģenētiski modificētu (ĢMO) augu izmantošana. Vairāki uzņēmumi, kas ražo kafijas pupiņas, to dara apgabalos, kur tām jāaug lietus mežu ēnā, un tie nevar paplašināt savas augšanas zonas, lai ražotu vairāk. Tādējādi šie uzņēmumi ražo mazāk kafijas nekā citi uzņēmumi. Tie, kuri nav ieinteresēti meklēt bioloģiskās kafijas marķējumu, var izmantot augus, kas ir ģenētiski pārveidoti, lai ražotu vairāk vai augtu vidē, kas nav pieejama ĢMO augiem.
Lai gan ir pieaugušas bažas par organiskās kafijas iegādi, daudzi cilvēki norāda arī uz godīgas tirdzniecības kafijas lietošanas nozīmi. Šī kafija ir arī dārgāka, taču tā garantē audzētājam noteiktas ekonomiskās tiesības, organizējot audzētāju grupas kooperācijās. Lauksaimnieki, kas pārdod tieši pasaules tirgū, var pat nenopelnīt iztiku. Pūristiem vēl viena iespējamā problēma ir tas, cik ilgi kafija paliek organiska. Pesticīdu iedarbība var ātri notikt, ja kafiju pasniedz ar lāsīti nebioloģiska piena un karoti ar pesticīdiem bagāta cukura. Tie, kas pērk bioloģisko kafiju, lai izvairītos no pesticīdu lietošanas, par laimi var atrast arī bioloģisko pienu un cukuru, ja tas rada bažas.