Kafija iziet vairākas ražošanas fāzes, pirms nonāk pie patērētāja. Veselu pupiņu kafiju vislabāk var definēt kā kafiju, kas ir izgājusi visus ražošanas posmus, izņemot malšanu. Ražošanas posmos ietilpst novākšana, šķirošana, izsēšana, raudzēšana, žāvēšana un grauzdēšana.
Parasti kafija rodas no sēklām, kas atrodamas tropiskā kafijas auga ogās. Pirmais kafijas ražošanas posms ietver ogu šķirošanu, lai novērstu negatavās vai mazizmēra ogas. Pēc tam mašīnas izņem ogas, raudzē sēklas un rūpīgi izskalo sēklas. Sēklas jeb kafijas pupiņas pēc tam nostāda, lai nožūtu, pirms ieiet grauzdēšanas fāzē. Kad kafijas pupiņas ir grauzdētas, tās iepako ar hermētisku aizzīmogojumu un nosūta patērētājam kā veselu pupiņu kafiju.
Retos gadījumos kafijas pupiņas pārdod pirms grauzdēšanas. Tomēr šo produktu sauc par neapstrādātu kafiju, nevis veselu pupiņu kafiju. Šādos gadījumos kafijas pupiņas tiek grauzdētas uz vietas kafejnīcā vai mājās.
Daudzi ražotāji veic papildu darbību, sasmalcinot kafiju, pirms tā tiek iepakota un nosūtīta patērētājam. Svaiguma un pilnīgākas garšas labad tiek apgalvots, ka vislabāk ir malt kafiju tikai tā, kā tā tiek lietota. Kafija sāk zaudēt garšu, nonākot saskarē ar vides faktoriem, piemēram, gaisu un mitrumu. Tā kā maltā kafija ir jutīgāka nekā veselas kafijas pupiņu versijas, daži patērētāji tagad dod priekšroku pirkt kafiju veselu.
Neraugoties uz pieaugošo interesi par svaigi maltu kafiju, daudzos pārtikas preču veikalos joprojām ir vairāk maltās kafijas nekā veselas kafijas pupiņu šķirnes. Pārtikas veikalos, kur tiek piedāvāta šī kafija, parasti ir pieejamas lielas kafijas dzirnaviņas. Turklāt dažādi sadzīves tehnikas ražotāji tagad ražo mājas kafijas dzirnaviņas, kas piemērotas visdažādākajiem budžetiem, sākot no vienkāršajām līdz ekstravagantajām.
Sasmalcināt veselu pupiņu kafiju nav tik vienkārši, kā iemest pupiņas dzirnaviņās un ļaut tām kādu laiku samalt. Dažādām pagatavošanas metodēm ir nepieciešama atšķirīga kafijas maluma pakāpe. Piemēram, kafijai, kas paredzēta lietošanai espresso automātā, jābūt pēc iespējas smalkāk samaltai, savukārt franču presei paredzētajai kafijai ir nepieciešama rupjāka maluma kafija.
Lai saglabātu svaigumu, veselu pupiņu kafija jāuzglabā tumšā, sausā, vēsā un pēc iespējas hermētiskākā vidē. Maltā kafija jāizlieto vai nu uzreiz pēc malšanas, vai arī tuvāko dienu laikā. Tāpat kā veselu pupiņu kafija, arī maltai kafijai ir nepieciešami hermētiski un sausi apstākļi, lai nodrošinātu svaigumu.