Debates par kafiju un veselību, visticamāk, turpināsies vēl ilgi. Sākotnēji pētījumi liecināja, ka kafija nav īpaši labvēlīga cilvēku veselībai, taču plašāki pētījumi ir apstrīdējuši šo ideju. Šķiet, ka gan Coffea arabica, gan Coffea robusta satur savienojumus, kas faktiski var padarīt kafijas dzērājus veselīgākus. Neskatoties uz bažām par savienojumiem arabikas pupiņās, būtu mazliet pārsteidzīgi teikt, ka tās ir neveselīgas.
Pirmajos pētījumos par kafiju, kas secināja, ka tā ir slikta patērētājiem, bieži vien neņēma vērā citus faktorus. Daudzi tā laika regulāri kafijas dzērāji arī smēķēja un dzēra, piemēram, un šīs darbības ir nepārprotami saistītas ar veselības problēmām. Papētot tuvāk, atklājās, ka daudzas problēmas, kas saistītas ar kafijas patēriņu, patiesībā bija saistītas ar citām ietekmēm.
Abi savienojumi arabikas pupiņu kafijā ir Kahweol un cafestol. Abi ir diterpēna savienojumi, un abi ir saistīti ar veselības problēmām. Šķiet, ka Kahweol paaugstina aknu enzīmu līmeni. Kafestols izraisa sliktā holesterīna līmeņa paaugstināšanos, un tas ir atrodams gan arabikas, gan robustas pupiņās, lai gan arabikā ir daudz augstāka vielas koncentrācija. Vislabāk tos nelietot pārmērīgi, bet, gatavojot kafiju ar filtru, tiek noņemta lielākā daļa šo savienojumu, padarot kafiju pilnīgi drošu dzeršanai.
Faktiski Arabica pupiņu kafija var būt laba cilvēkiem. Tika atklāts, ka kafijas dzērāji Nīderlandē un Japānā ir mazāk pakļauti noteiktiem vēža veidiem. Iespējams, ka par to ir vainojams augstais antioksidantu līmenis kafijā. Tas var arī palīdzēt novērst sirds aritmijas, samazināt dobumus un iznīcināt baktērijas. Ir nepieciešami turpmāki pētījumi, taču šķiet skaidrs, ka kafijas ieguvumi atsver iespējamās izmaksas, īpaši, ja diterpēnus atdala filtrējot. Daudzi no šiem atklājumiem attiecas gan uz arabikas, gan robusta pupiņām, lai iepriecinātu cilvēkus, kuri dod priekšroku Robusta sugām, kas satur vairāk kofeīna.
Tomēr kafija var izraisīt migrēnas, veicināt kuņģa čūlas un paaugstināt asinsspiedienu. Dažos gadījumos medicīnas speciālists var ieteikt pacientam samazināt kafijas uzņemšanu vai pāriet uz versiju bez kofeīna. Personām vienmēr ir jāievēro veselības aprūpes speciālista sniegtie ieteikumi, jo viņš vai viņa ir labāk informēts par problēmām, kas ir raksturīgas tikai pacienta ķermenim.