Tradicionālais bazilika pesto satur daudz tauku no pievienotās olīveļļas, siera un riekstiem. Lai gan tauki no eļļas un riekstiem ir nepiesātināti un parasti tiek uzskatīti par sirdij veselīgiem, pavārs var vēlēties pagatavot veselīgu pesto ar mazāku tauku saturu un mazāk kaloriju, izlaižot dažas vai visas augsta tauku satura sastāvdaļas. Pavārs var arī nelietot sieru vai aizstāt ar mazāk tauku saturu, lai iegūtu veselīgāku pesto. Ja baziliks nav pieejams, viņa to var aizstāt ar citiem zaļumiem, piemēram, argulu vai kāpostu.
Parasti pesto pievieno riekstus, piemēram, priežu riekstus vai valriekstus, lai iegūtu garšu un tekstūru. Rieksti ēdienam pievieno gan taukus, gan nedaudz olbaltumvielu. Lai pagatavotu veselīgu pesto, pavārs var vēlēties samazināt receptē pievienoto riekstu daudzumu. Piemēram, ja recepte prasa 1/4 tase (25 gramus) priežu riekstu, viņa var samazināt daudzumu līdz 2 ēdamkarotēm (12 gramiem). Valriekstos ir daudz omega-3 taukskābju, tāpēc pavārs var vēlēties tos izmantot priežu riekstu vietā.
Lai vēl vairāk samazinātu kaloriju daudzumu veselīgā pesto, pavārs var vēlēties samazināt parmezāna vai cita cieta, stipra siera daudzumu. Pavārs var padarīt pesto vegānu, aizstājot parmezānu ar mīkstu vai zīdainu tofu. Viņa var izmantot arī daļēji vāju rikotas sieru kopā ar nelielu daudzumu parmezāna. Ricotta vai tofu piešķirs mērcei arī proteīnu. Lai iegūtu garšīgāku versiju, viņa var mēģināt aizstāt parmezānu un olīveļļu ar kazas sieru.
Eļļu daudzās pesto receptēs var arī samazināt līdz pat uz pusi, lai samazinātu kaloriju un tauku daudzumu. Lai kompensētu eļļas samazināšanos, pavāram būs jāpievieno vēl viens šķidrums. Pesto atšķaidīšanai var izmantot ūdeni. Citronu sula mērcei piešķirs nedaudz pikantuma. Samazinot olīveļļas daudzumu, pavārei ir jāizmanto vislabākā eļļa, ko viņa var atrast, lai pārliecinātos, ka tās garša spīd cauri.
Veselīgs pesto ir ne tikai bazilika lapas. Daži pavāri baziliku aizstāj ar pētersīļiem, īpaši ziemas mēnešos, kad svaigs baziliks var nebūt pieejams. Vēl viena iespēja ir izmantot rukolu, kas piešķir pesto piparu garšu. Lai iegūtu vairāk uzturvielu, pavārs kopā ar baziliku pesto var pievienot sauju kāpostu.