Pilngraudu krekeri, atšķirībā no standarta baltajiem krekeriem, ir izgatavoti no miltiem, kas izmanto visu graudu. Rezultātā tie piedāvā vairāk uzturvērtības nekā krekeri, kas nav gatavoti no veseliem graudiem. Tas liek daudziem cilvēkiem pilngraudu krekerus uzskatīt par veselīgāku alternatīvu. Daudzi maiznieki savās receptēs pat iekļauj citas veselīgas sastāvdaļas, lai sniegtu papildu uzturvērtību gatavajam krekeram.
Visi pilngraudu krekeri sākas ar pilngraudu miltiem. Šāda veida miltus iegūst, samaļot graudu klijas, dīgļus un endospermu. Citi miltu veidi izmanto tikai endospermu.
No pilngraudu krekeriem izmantotajiem miltu veidiem visizplatītākie ir pilngraudu milti un graham milti. Abiem ir rupja tekstūra, un tie ir izgatavoti, samaļot kviešus. Grehema milti klijas un dīgļu slāņus sasmalcina atsevišķi, tomēr kliju slāni samaļ rupjos gabalos un dīgļu slāni smalkos gabaliņos. Pilngraudu milti sasmalcina visu sēklu uzreiz. Maiznieki var izmantot citus pilngraudu miltus, piemēram, rudzu miltus, speltas miltus un sojas miltus, taču tie ir retāk sastopami krekeru receptēs.
Papildu sastāvdaļas, kas parasti atrodamas pilngraudu krekeros, ir sāls, eļļa un ūdens. Eļļa un ūdens nodrošina pietiekami daudz mitruma, lai izveidotu plakanu mīklu. Sāls krekeriem piešķir garšu. Daži pavāri mīklu velmē universālos miltos, un daži pat pievieno nelielu daudzumu universālo miltu pilngraudu miltiem, lai nodrošinātu smalkāku tekstūru.
Atkarībā no personīgās izvēles maiznieki savām receptēm pievieno citas garšvielas un sastāvdaļas, kas vēl vairāk maina garšu. Sēklas, tostarp sezama, ķimeņu un magoņu sēklas, nodrošina izsmalcinātu garšu un jaunu tekstūras dimensiju. Garšvielas, piemēram, ķiploku pulveris un sīpolu pulveris, veido krekeri ar pikantāku garšu. Medus un cukurs krekerim piešķir saldumu. Dehidrēti dārzeņi, grauzdēti un smalki sagriezti, pievieno vairāk vitamīnu un veido uzturvērtības ziņā sabalansētu krekeri.
Lielākajā daļā krekeru recepšu cepējs vispirms sajauc kopā sausās sastāvdaļas. Viņš vai viņa pievieno eļļu, līdz tā sajaucas ar sausajām sastāvdaļām, pēc tam lēnām pievieno ūdeni, līdz veidojas mīkla. Pavāram mīkla ir jāmīca un jāizrullē, pirms to sagriež sev vēlamajās krekeru formās. Šos izgrieztos mīklas gabaliņus cep, līdz tie ir kraukšķīgi un brūni.
Pilngraudu krekeriem ir lielāka uzturvērtība nekā citiem krekeru veidiem. Rafinētajos miltos tiek izmantota tikai endosperma, kas satur lielāko daļu kodola ogļhidrātu, olbaltumvielu, vitamīnu un minerālvielu. Tomēr dīgļi satur papildu vitamīnus, olbaltumvielas, minerālvielas un veselīgus taukus, un klijas satur vitamīnus, šķiedrvielas un antioksidantus. Lai gan krekeriem, kas pagatavoti no rafinētiem miltiem, joprojām ir uzturvērtība, no veseliem graudiem gatavotiem krekeriem ir pilnīgāks uzturvērtības profils.