Pilngraudu vafeles ir vafeles, kurās receptē balto miltu vietā vai papildus ir iekļautas pilngraudu sastāvdaļas. Šīs sastāvdaļas ir kviešu milti, linsēklas, velmētas auzas, auzu milti, auzu klijas un kviešu dīgļi. Daži pavāri balto miltu vafeles vietā gatavo pilngraudu vafeles, jo veseli graudi nodrošina šķiedrvielas, kas palīdz gremošanu un dažreiz remdē izsalkumu ilgāk nekā bagātinātie milti. Šīs barojošās piedevas var arī piešķirt vafelēm riekstu garšu, kas daudziem šķiet vēlama.
Pilngraudu vafeļu pagatavošana var būt tikpat vienkārša kā receptē iekļauto balto miltu aizstāšana ar kviešu vai auzu miltiem. Tie, kas izmanto kviešu miltus, var pilnībā izlaist baltos miltus, lai iegūtu ļoti smagas, blīvas vafeles, vai aizstāt pusi vai trīs ceturtdaļas balto miltu, lai iegūtu vieglāku versiju. Auzu milti var padarīt vafeles nedaudz blīvākas, taču parasti tās ir vieglākas un nedaudz mazāk pamanāmas nekā kviešu milti. Auzu miltus var iegādāties jau samaltus vai pagatavot mājās, virtuves kombainā vai kafijas dzirnaviņās pievienojot velmētas vai tērauda sagrieztas auzas.
Pavāri, kuri savā vafeļu receptē nevēlas aizstāt baltos miltus, joprojām var pagatavot pilngraudu vafeles. Daļu balto miltu vienkārši aizvietojot ar kausiņu veselu auzu, parasti tas izdodas. Receptei var pievienot arī lielu daudzumu maltu linsēklu, kviešu dīgļu vai auzu kliju. Nevienai no šīm piedevām nevajadzētu mainīt mīklas gatavošanas veidu, taču tās piešķirs vafeļu garšai smalkas šķautnes, kā arī šķiedrvielas, omega-3 taukskābes un vitamīnus.
Mainot esošās vafeļu receptes, lai pagatavotu pilngraudu vafeles, parasti ir rūpīgi jāizvērtē. Pārāk daudz aizstāšanas var radīt biezu un sveķainu vai ļoti plānu un šķidru mīklu, kas parasti nav piemērotas vafelēm, veseliem graudiem vai citiem. Ja pavārs vēlas pagatavot beztauku pilngraudu vafeles, sveķainām mīklām var noderēt nedaudz papildu eļļas vai ābolu mērces. Tiem, kuriem uz rokām ir šķidra mīkla, jāmēģina nedaudz uzkaisīt pilngraudu miltus, auzu vai citu pilngraudu, līdz mīkla iegūst vēlamo konsistenci.
Daudzas pilngraudu vafeļu receptes ietver arī riekstus un augļus. Valrieksti, mandeles un pekanrieksti parasti papildina un uzlabo pilngraudu vafeļu riekstu garšu. Augļi, piemēram, banāni, āboli un saldās ogas, arī papildina veselus graudus un palīdz noslēpt jebkādu asumu no linsēklu vai kviešu dīgļu pārpilnības. Saldo kartupeļu un ķirbju biezeni var pārvērst pilngraudu vafeles gardā rudens kārumā.