Pilngraudu smalkmaizītes ietver dažādus veselus graudus, piemēram, kviešus vai auzas, vienlaikus saturot sastāvdaļas, piemēram, augļus, ķirbju biezeni, šokolādi vai rozīnes. Brokastu smalkmaizītes, kas pagatavotas no veseliem graudiem, parasti satur velmētas auzas un kādu laiku sasmalcinātu augļu biezeni, piemēram, banānus vai zemenes. Tiek izmantoti dažādi pilngraudu veidi, piemēram, rudzi, mieži un sorgo, kā arī griķi, kvinoja un citas bezglutēna pilngraudu šķirnes. Tā kā pilngraudu smalkmaizītes parasti tiek uzskatītas par veselīgākām alternatīvām balto miltu līdziniekiem, daudzus no veseliem graudiem gatavotus smalkmaizītes uztura speciālisti un ārsti reklamē to šķiedrvielu satura dēļ.
Mafinos, kas gatavoti no veseliem graudiem, kā galveno pamatsastāvdaļu bieži izmanto pilngraudu miltus, pievienojot dažādas sastāvdaļas, piemēram, žāvētus vai svaigus augļus un garšvielas. Ķirbju pilngraudu smalkmaizītes parasti gatavo no kviešu miltiem, kā arī no ķirbja, kanēļa un ingvera biezenī, un tos bieži gatavo rudens mēnešos. Ķirbju smalkmaizīšu bezglutēna versijās joprojām var izmantot veselus graudus, kviešu miltus aizstājot ar pilngraudu maltīti vai miltiem bez lipekļa. Kvinojas milti un sorgo milti ir divi pilngraudu miltu piemēri, kurus var viegli izmantot jebkurā bezglutēna pilngraudu smalkmaizītes receptē.
Populāri ir arī ābolu pilngraudu smalkmaizītes, kas parasti satur svaigas ābolu šķēles, kanēli un muskatriekstu, kā arī brūnā cukura drupināto virskārtu. Šo mafinu var pasniegt pie kafijas vai tējas, un tas ir arī populārs cepts produkts, ko lieto brokastu laikā vai starp ēdienreizēm uzkodām. Banānu riekstu smalkmaizītes parasti tiek gatavotas no veseliem graudiem, piemēram, velmētām auzām un pilngraudu kviešu miltiem, un tās ir ļoti izplatītas kā brokastu smalkmaizītes ar to saldo un sātīgo tekstūru. Biežāk vairums pilngraudu smalkmaizīšu nesatur glazūru kā kēksus un ir blīvāki, tāpēc tie ir lieliski piemēroti maltītes aizvietošanai.
Melleņu smalkmaizītes, kas gatavotas no veseliem graudiem, parasti izmanto visus pilngraudu miltus vai pilngraudu bezglutēna miltus, kā arī tumši brūno cukuru un svaigas vai saldētas mellenes. Šāda veida smalkmaizītes ir populāras kā uzkodas, un tās parasti gatavo siltajos vasaras mēnešos. Tā kā veseli graudi satur ievērojamu daudzumu šķiedrvielu un citu uzturvielu, lielākā daļa uztura speciālistu iesaka pilngraudu smalkmaizītes, nevis balto miltu kolēģus. Lai gan smalkmaizītes tiek uzskatītas par veselīgākām, tās tomēr var saturēt lielu cukura daudzumu, tāpēc ir svarīgi ievērot cukura saturu un lietot mērenībā.