Lai gan multivitamīnus parasti uzskata par pozitīvu papildinājumu ikdienas rutīnai, var rasties dažas blakusparādības. Visbiežāk sastopamās multivitamīnu blakusparādības ir slikta dūša, aizcietējums un caureja. Dažiem cilvēkiem var rasties arī alerģiska reakcija, ko parasti raksturo apgrūtināta elpošana, nātrene, nieze un sejas, lūpu vai mēles pietūkums. Dažām multivitamīnu minerālvielām var būt pat smagākas blakusparādības, tostarp žultsakmeņi, sirds nosprostošanās, nierakmeņi un orgānu mazspēja.
Dažas biežākās multivitamīnu blakusparādības ir pārejošas, un tām ar laiku vajadzētu izzust, tiklīdz organisms pielāgojas šim vitamīnam. Piemēram, dažiem cilvēkiem, pirmo reizi lietojot multivitamīnus, rodas slikta dūša, aizcietējums vai caureja. Daži vitamīni satur minerālvielas, kas mēdz izraisīt blakusparādības, kas ir apgrūtinošas, bet ne vienmēr kaitīgas. Viens piemērs ir tas, ka multivitamīni, kas satur dzelzi, mēdz izraisīt izkārnījumu krāsas maiņu. Šīs multivitamīnu blakusparādības parasti neliek lietotājiem pārtraukt lietošanu, ja vien tās neizzūd kādu laiku pēc to pievienošanas ikdienas rutīnai.
Ir daudz nopietnākas multivitamīnu blakusparādības, kuras netiek uzskatītas par normālām, un par tām nekavējoties jāziņo ārstam pēc vitamīnu lietošanas pārtraukšanas. Lielākā daļa no tām ir saistītas ar nejaušu vitamīna pārdozēšanu, kas var būt diezgan izplatīta parādība, jo daudzi cilvēki vai nu nezina pareizo devu, vai arī pieņem, ka vitamīnu par daudz nav. Piemēram, pārmērīga kalcija lietošana var izraisīt žultsakmeņu, nierakmeņu un sirdsdarbības traucējumus kopā ar tipiskām multivitamīnu blakusparādībām, piemēram, aizcietējumiem un sliktu dūšu. Pārmērīgs kālija daudzums var izraisīt sirds nosprostojumu, un šīs ir tikai dažas no minerālvielām, kas bieži izraisa medicīniskas problēmas, ja tiek uzņemtas pārāk daudz vienlaikus.
Daži cilvēki var atklāt, ka viņiem ir alerģija pret noteiktām minerālvielām, kas atrodas viņu multivitamīnu sastāvā. Tas var nebūt acīmredzams, līdz parādās īpaši simptomi, piemēram, apgrūtināta elpošana vai spiediena sajūta krūtīs. Lai gan šīs satraucošās multivitamīnu blakusparādības ir diezgan nopietnas, var rasties arī dažas mazāk acīmredzamas reakcijas. Nātrene, nieze un ādas izsitumi ir alerģijas pret multivitamīnu pazīmes, tāpat kā mutes, mēles un lūpu pietūkums. Diemžēl, lietojot multivitamīnus, var būt grūti noteikt, kurš minerāls izraisa alerģiju, jo vairums uztura bagātinātāju ir iekļauti diezgan maz.