Biežākie mugurkaula stenozes cēloņi ir ar vecumu saistīti stāvokļi, piemēram, diska deģenerācija, osteoartrīts un saišu sabiezēšana. Stress vai patoloģiski veidojumi uz mugurkaula un kaulu slimības ir citi tipiski cēloņi. Savu lomu var spēlēt arī iedzimtība. Visas šīs problēmas samazina atvērtās vietas daudzumu mugurkaula kanālā un rada spiedienu uz nerviem.
Daži mugurkaula stenozes cēloņi rodas ar novecošanu saistītu apstākļu rezultātā. Tie ietver diska deģenerāciju, osteoartrītu un saišu sabiezēšanu. Diska deģenerācija notiek, kad amortizācija starp skriemeļiem maina formu tā, ka tie izplešas un rada izspiedumus, kas rada spiedienu uz muguras smadzenēm un nervu saknēm. Osteoartrīts izraisa mugurkaula kaulu veidojumus, jo tiek bojātas šķautņu locītavas starp skriemeļiem, kas izplešas arī citās mugurkaula daļās. Laika gaitā mugurkaula kaulus savienojošo saišu sabiezēšana var izraisīt izspiedumu, kas nospiež mugurkaulu un nervus.
Citi mugurkaula stenozes cēloņi rodas no trieciena tieši uz mugurkaulu. Lielu negadījumu, piemēram, automašīnu avāriju un kritienu rezultātā gūtas traumas var izjaukt mugurkaulu, tādējādi izdarot spiedienu uz muguras smadzenēm. Daudzos gadījumos trieciens ietekmē arī mugurkaula kanālu un nervu galus.
Jebkuru veidojumu uz mugurkaula var iekļaut arī mugurkaula stenozes cēloņu sarakstā. Vēža audzēji, kas aug uz mugurkaula, rada spiedienu un samazina vietu muguras smadzenēs. Fluroze, stāvoklis, ko izraisa pārmērīgs fluora daudzums, var izraisīt mugurkaula saišu pārkaļķošanos. Ir arī apstākļi, kad izmaiņas kaulos var izraisīt patoloģisku augšanu vai stīvumu, kas rada spiedienu uz muguras smadzenēm, piemēram, aizmugurējās gareniskās saites (OPLL) pārkaulošanās un difūzā idiopātiskā skeleta hiperostoze (DISH).
Ir vairākas slimības, kas var izraisīt mugurkaula stenozes attīstību. Pedžeta slimības gadījumā organisms neparasti ātri aug kaulaudos, kā rezultātā veidojas pārāk lieli kauli, kas var iespiesties mugurkaula kanāla brīvajā vietā. Mugurkaula artrīta forma, ko sauc par ankilozējošo spondilītu, izraisa pietūkumu, kas var izplesties citās mugurkaula daļās.
Dažos gadījumos mugurkaula stenozes cēloņi ir ģenētiski. Ahondroplazija ir iedzimts stāvoklis, kad kauls augļa stadijā aug neparasti lēni, tādējādi izraisot šauru mugurkaula kanālu un izraisot pundurismu. Ir arī daži bērni, kuri vienkārši piedzimst ar šaurāku mugurkaulu.